CN1291913A - 通过双向电泳在一种生物电芯片上无流道分离生物颗粒 - Google Patents

通过双向电泳在一种生物电芯片上无流道分离生物颗粒 Download PDF

Info

Publication number
CN1291913A
CN1291913A CN99803469A CN99803469A CN1291913A CN 1291913 A CN1291913 A CN 1291913A CN 99803469 A CN99803469 A CN 99803469A CN 99803469 A CN99803469 A CN 99803469A CN 1291913 A CN1291913 A CN 1291913A
Authority
CN
China
Prior art keywords
cell
electrode
storehouse
described device
cracking
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN99803469A
Other languages
English (en)
Other versions
CN1170942C (zh
Inventor
程京
爱德华·L·谢尔登Ⅲ
吴蕾
詹姆斯·P·奥康奈尔
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
NANOGEN CO Ltd
Original Assignee
NANOGEN CO Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by NANOGEN CO Ltd filed Critical NANOGEN CO Ltd
Publication of CN1291913A publication Critical patent/CN1291913A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN1170942C publication Critical patent/CN1170942C/zh
Anticipated expiration legal-status Critical
Expired - Fee Related legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L3/00Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
    • B01L3/50Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
    • B01L3/502Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures
    • B01L3/5027Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures by integrated microfluidic structures, i.e. dimensions of channels and chambers are such that surface tension forces are important, e.g. lab-on-a-chip
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01DSEPARATION
    • B01D57/00Separation, other than separation of solids, not fully covered by a single other group or subclass, e.g. B03C
    • B01D57/02Separation, other than separation of solids, not fully covered by a single other group or subclass, e.g. B03C by electrophoresis
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01JCHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J19/00Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J19/0093Microreactors, e.g. miniaturised or microfabricated reactors
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L3/00Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
    • B01L3/50Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
    • B01L3/502Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures
    • B01L3/5027Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures by integrated microfluidic structures, i.e. dimensions of channels and chambers are such that surface tension forces are important, e.g. lab-on-a-chip
    • B01L3/502753Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures by integrated microfluidic structures, i.e. dimensions of channels and chambers are such that surface tension forces are important, e.g. lab-on-a-chip characterised by bulk separation arrangements on lab-on-a-chip devices, e.g. for filtration or centrifugation
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L3/00Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
    • B01L3/50Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
    • B01L3/502Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures
    • B01L3/5027Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures by integrated microfluidic structures, i.e. dimensions of channels and chambers are such that surface tension forces are important, e.g. lab-on-a-chip
    • B01L3/502761Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures by integrated microfluidic structures, i.e. dimensions of channels and chambers are such that surface tension forces are important, e.g. lab-on-a-chip specially adapted for handling suspended solids or molecules independently from the bulk fluid flow, e.g. for trapping or sorting beads, for physically stretching molecules
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B03SEPARATION OF SOLID MATERIALS USING LIQUIDS OR USING PNEUMATIC TABLES OR JIGS; MAGNETIC OR ELECTROSTATIC SEPARATION OF SOLID MATERIALS FROM SOLID MATERIALS OR FLUIDS; SEPARATION BY HIGH-VOLTAGE ELECTRIC FIELDS
    • B03CMAGNETIC OR ELECTROSTATIC SEPARATION OF SOLID MATERIALS FROM SOLID MATERIALS OR FLUIDS; SEPARATION BY HIGH-VOLTAGE ELECTRIC FIELDS
    • B03C5/00Separating dispersed particles from liquids by electrostatic effect
    • B03C5/02Separators
    • B03C5/022Non-uniform field separators
    • B03C5/026Non-uniform field separators using open-gradient differential dielectric separation, i.e. using electrodes of special shapes for non-uniform field creation, e.g. Fluid Integrated Circuit [FIC]
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B03SEPARATION OF SOLID MATERIALS USING LIQUIDS OR USING PNEUMATIC TABLES OR JIGS; MAGNETIC OR ELECTROSTATIC SEPARATION OF SOLID MATERIALS FROM SOLID MATERIALS OR FLUIDS; SEPARATION BY HIGH-VOLTAGE ELECTRIC FIELDS
    • B03CMAGNETIC OR ELECTROSTATIC SEPARATION OF SOLID MATERIALS FROM SOLID MATERIALS OR FLUIDS; SEPARATION BY HIGH-VOLTAGE ELECTRIC FIELDS
    • B03C5/00Separating dispersed particles from liquids by electrostatic effect
    • B03C5/02Separators
    • B03C5/022Non-uniform field separators
    • B03C5/028Non-uniform field separators using travelling electric fields, i.e. travelling wave dielectrophoresis [TWD]
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N13/00Treatment of microorganisms or enzymes with electrical or wave energy, e.g. magnetism, sonic waves
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N27/00Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
    • G01N27/26Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating electrochemical variables; by using electrolysis or electrophoresis
    • G01N27/416Systems
    • G01N27/447Systems using electrophoresis
    • G01N27/44704Details; Accessories
    • G01N27/44743Introducing samples
    • HELECTRICITY
    • H01ELECTRIC ELEMENTS
    • H01LSEMICONDUCTOR DEVICES NOT COVERED BY CLASS H10
    • H01L29/00Semiconductor devices adapted for rectifying, amplifying, oscillating or switching, or capacitors or resistors with at least one potential-jump barrier or surface barrier, e.g. PN junction depletion layer or carrier concentration layer; Details of semiconductor bodies or of electrodes thereof  ; Multistep manufacturing processes therefor
    • H01L29/66Types of semiconductor device ; Multistep manufacturing processes therefor
    • H01L29/66007Multistep manufacturing processes
    • H01L29/66075Multistep manufacturing processes of devices having semiconductor bodies comprising group 14 or group 13/15 materials
    • H01L29/66227Multistep manufacturing processes of devices having semiconductor bodies comprising group 14 or group 13/15 materials the devices being controllable only by the electric current supplied or the electric potential applied, to an electrode which does not carry the current to be rectified, amplified or switched, e.g. three-terminal devices
    • H01L29/66409Unipolar field-effect transistors
    • H01L29/66477Unipolar field-effect transistors with an insulated gate, i.e. MISFET
    • H01L29/6656Unipolar field-effect transistors with an insulated gate, i.e. MISFET using multiple spacer layers, e.g. multiple sidewall spacers
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01JCHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00781Aspects relating to microreactors
    • B01J2219/00851Additional features
    • B01J2219/00853Employing electrode arrangements
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01JCHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00781Aspects relating to microreactors
    • B01J2219/00905Separation
    • B01J2219/00912Separation by electrophoresis
    • B01J2219/00914Separation by electrophoresis by dielectrophoresis
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2200/00Solutions for specific problems relating to chemical or physical laboratory apparatus
    • B01L2200/06Fluid handling related problems
    • B01L2200/0631Purification arrangements, e.g. solid phase extraction [SPE]
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2200/00Solutions for specific problems relating to chemical or physical laboratory apparatus
    • B01L2200/06Fluid handling related problems
    • B01L2200/0647Handling flowable solids, e.g. microscopic beads, cells, particles
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2200/00Solutions for specific problems relating to chemical or physical laboratory apparatus
    • B01L2200/06Fluid handling related problems
    • B01L2200/0647Handling flowable solids, e.g. microscopic beads, cells, particles
    • B01L2200/0668Trapping microscopic beads
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2200/00Solutions for specific problems relating to chemical or physical laboratory apparatus
    • B01L2200/10Integrating sample preparation and analysis in single entity, e.g. lab-on-a-chip concept
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2300/00Additional constructional details
    • B01L2300/06Auxiliary integrated devices, integrated components
    • B01L2300/0627Sensor or part of a sensor is integrated
    • B01L2300/0636Integrated biosensor, microarrays
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2300/00Additional constructional details
    • B01L2300/06Auxiliary integrated devices, integrated components
    • B01L2300/0627Sensor or part of a sensor is integrated
    • B01L2300/0645Electrodes
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2300/00Additional constructional details
    • B01L2300/08Geometry, shape and general structure
    • B01L2300/0809Geometry, shape and general structure rectangular shaped
    • B01L2300/0816Cards, e.g. flat sample carriers usually with flow in two horizontal directions
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2300/00Additional constructional details
    • B01L2300/08Geometry, shape and general structure
    • B01L2300/0861Configuration of multiple channels and/or chambers in a single devices
    • B01L2300/0877Flow chambers
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2400/00Moving or stopping fluids
    • B01L2400/04Moving fluids with specific forces or mechanical means
    • B01L2400/0403Moving fluids with specific forces or mechanical means specific forces
    • B01L2400/0415Moving fluids with specific forces or mechanical means specific forces electrical forces, e.g. electrokinetic
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2400/00Moving or stopping fluids
    • B01L2400/04Moving fluids with specific forces or mechanical means
    • B01L2400/0403Moving fluids with specific forces or mechanical means specific forces
    • B01L2400/0415Moving fluids with specific forces or mechanical means specific forces electrical forces, e.g. electrokinetic
    • B01L2400/0421Moving fluids with specific forces or mechanical means specific forces electrical forces, e.g. electrokinetic electrophoretic flow
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2400/00Moving or stopping fluids
    • B01L2400/04Moving fluids with specific forces or mechanical means
    • B01L2400/0403Moving fluids with specific forces or mechanical means specific forces
    • B01L2400/0415Moving fluids with specific forces or mechanical means specific forces electrical forces, e.g. electrokinetic
    • B01L2400/0424Dielectrophoretic forces
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2400/00Moving or stopping fluids
    • B01L2400/04Moving fluids with specific forces or mechanical means
    • B01L2400/0493Specific techniques used
    • B01L2400/0496Travelling waves, e.g. in combination with electrical or acoustic forces
    • BPERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01LCHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2400/00Moving or stopping fluids
    • B01L2400/06Valves, specific forms thereof
    • B01L2400/0633Valves, specific forms thereof with moving parts
    • B01L2400/0644Valves, specific forms thereof with moving parts rotary valves

Abstract

本发明包括用于通过双向电泳,分离细胞的直流高压脉冲电裂解,从粗混合物例如细胞裂解物中分离需要的成分,和/或这种裂解物的酶促反应的装置和方法,这些全部可在一个单一的生物电芯片上完成。本发明的一个优选的实施方案包括一个支架(10),它包括一个在印刷电路板(14)上的微硅芯片(12)和安置在芯片(12)上的流动单元(16),形成一个流动仓。支架(10)也包括输出插座(22),用于将支架(10)与一个电子控制器进行电连接。芯片(12)包括多个环状微电极(24),该电极最好用保护性渗透层包被,从而防止电极和引入到流动仓中的样品的直接接触。渗透层也有助于降低细胞在弱场处的粘连,并使用于特异细胞捕获的特异性抗体的固定。在芯片上特定的来自各种细胞混合物的细胞被分离,裂解和酶促消化。

Description

通过双向电泳在一种生物电芯片上无流道分离生物颗粒
相关申请说明
这是1996年9月6日提交的仍在审查中的专利申请序列号为08/709,353的部分继续申请,其说明书全部内容引入本文作为参考。
联邦财政支援声明
此项发明系由美国政府支持并付诸实施的,具体的说是由,美国商业部的领导下的高科技计划(Advanced Technology Program)中与Nanogen公司签定的合同号为:95-08-009而决定。
发明领域
此项发明是关于实现活性、多步分子和生物学样品的制备和诊断分析中使用的设备及方法。主要包括与电细胞分离,细胞裂解,和(或)酶促反应相关的设备方法,特别是用双向电泳进行细胞颗粒的无流道(CHANNEL-LESS)分离,对分离出细胞进行的高压直流脉冲电裂解,酶促反应的设备和方法,这些都是用单个生物电学芯片来实现的(例如,在一个完整的分析系统中)。此项技术在很多方面都有其应用价值,如:食物和水的质量检测,传染病诊断,癌症诊断,骨髓检查(特别是干细胞的分离和分析)以及用于法学目的的基于基因的个体鉴定。另外,这套装置方法还可以用于对基因表达的研究,特别是用于从大量其他细胞中分离少数特别类型的细胞以用来对特定的亚群中的RNA进行研究。
发明技术背景
分子生物学,免疫学分析,诊断分析实验及其他一些生物学的基础工作的主要步骤包括:获得细胞样品(如血浆、组织等);分离所需细胞材料,裂解或裂解细胞以释放出粗制DNA、RNA(下文提到有关DNA的内容同样适用于RNA)和全部蛋白质;提纯粗制裂解物(即除去细胞残余物);然后进行酶促反应进行所需要的分析。
双向电泳(DIELECTROPHORESIS)是分离微粒的常用技术方法,无论它们在溶液中是否电离都一样有效。本发明所报道过的已有技术大多采用一种以玻璃载片为基础的设备,载片表面上暴露有集成电极板,载片上还包括一个有几百微升容积的流动仓(flow chamber)。用这种设备进行细胞分离的依据是,不同细胞在一个有适当频率和振幅的交流(AC)信号的作用下,按照它们的电学性质,通过适宜的电导性来选择分离缓冲液。这种设备存在很多不足,主要包括以下几点:第一,分离与未被分离的细胞一起非特异性的粘着在暴露出来的破璃表面及电极上。第二,流动仓(flow chamber)的容量过大(几百微升),以至于热对流干扰先前被电极捕获的细胞,并使之脱离。第三,清除其他不需要细胞在没有干扰需要保留在电极上的细胞的情况不易实现--这是因为电极与所需细胞阻碍了液体流(fluidic floW),因此,也阻挡了包含其他不需要的细胞的清洗液体流。
裂解或溶解细胞可以释放出粗制DNA,RNA和其它的细胞组分。此前报道过的电细胞裂解技术,通常采用一种包括一组高压直流(DC)脉冲的大型设备,而不是采用微芯片技术。这些传统方法存在很多不足,主要包括:第一,市售大型设备指定的电裂解条件不能使细胞释放出大分子量(分子量大于20Kb)DNA分子,这是因为大分子量的DNA不能顺利通过由以前的裂解方法在细胞膜上产生的孔道。第二,一些开始释放到裂解室(lysis)的核酸因为非特异性地附着在裂解室(lysis)的表面而损失掉了。第三,用于电裂解的传统的大型设备只能作为一个独立的单元工作,这样使双向电泳分离与电裂解不能在同一设备组件中完成。
接下来进行的是粗制裂解产物的纯化(相当于分离清除其它无用的细胞残体)。纯化后的裂解产物将进行酶促反应,以准备杂交,鉴定、分析。这些酶促反应包括变性,裂解或扩增裂解产物。在这些样品准备与DNA加工过程后,才可以进行杂交反应。最后,检测结果和数据还原(DATA REDUCTION)将从杂交结果中得到分析结论。这些传统的方法和加工过程存在许多问题,主要包括:首先,这些样品的制备加工步骤,与杂交、鉴定和分析等其它的主要步骤相分离。另外,传统方法在大量样品上进行的多种操作是分离的(如:移液,离心,电泳等),经常是复杂且高消耗的,需要很高的技术水平。许多技术因为灵敏度,特异性、及再生产能力的不足而使应用受到了限制。例如:核酸杂交分析在诊断中的运用已经被这些问题所限制了。
现在已经有人开始应用双向电泳进行细胞分离、鉴定:如U.S.PatentNo.4,326,934 to Herbert中介绍了一套依靠连续电泳进行细胞分类的装置和方法。细胞利用细胞微粒在双向电泳中的阴阳两性运动而得到分离。分离出的细胞根据在两极间运动的特征性偏转距离来进行分类和标记。
U.S.Patent No.5,344,535 to Walter et al.也介绍了一种依靠双向电泳分离鉴定微生物和其他微粒的设备方法。细胞依靠它们特征性的电泳速度而被分离。
U.S.Patent No.5,569,367 to Walen et al介绍了一套用一对完整电极分离混合物的设备和方法。该设备运用2个通电电极阻扰细胞流的顺利通过,然后用一个不均一的选择区域使不同种类细胞得以分离。电极结构是由一些排列起来,干扰细胞流动的“插入网状结构”组成的。
此外,进行简并加工步骤,或分步的努力尝试也开始出现了。例如,不同的microrobotic系统已经被设计用来准备分析在一定支持材料上的DNA探针,Beattie et al.,in The 1992 San Diego Conference:GeneticRecognifion,November,1992,运用一种microrobofic系统来将包含有DNA特异序列的小液滴储存到在玻璃底质上的分离的的样品板上。也有许多尝试是关于一种基于单个芯片或底质的统一系统,这种系统包括主要的样品准备与诊断分析的复合步骤。A.Manz etal.,在“Miniaturized TotalChemical Analysis System:A Novel Concept For Chemical Sening”,SensorsAnd Actuators,B1(1990),PP.244-248,中介绍了一种“完全化学分析系统”(TAS),它包括一个小型化TAS构造的组件,样品输送,任何必须的化学反应。染色体分离鉴定将可以自动进行。另一种设计中的整合系统是Stapleton,U.S.Patent No.5,45l,500中提到的,该专利介绍了一种自动鉴定目的核酸序列的系统,在该系统中,多种生物样品将分别以二维形式植入包含载体的母体中。不同种类的载体将被运用于不同种类的诊断分析和实验控制版中(TEST PANEL)。
用于实现样品制备与分析的多方面功能的复合电极系统也已经披露了,这种系统用于多种生物样品的制备和分析。Pace,U.S.Patent A,908,112,题为“Silicon Semiconductor Wafer for Analyzing Micronic BiologicalSamples”介绍了一种分析分离装置,该装置主要部分是在半导体设备中的一个通道组成的毛细管,电极被安置在通道中以用来作用于毛细管中的液体的流动。Pace指出,对毛细管而言,直线运送距离应小于100微米,并且,所有分析仪器的功能可以通过整合到一个硅晶片来实现,如样品注射,反应前导,纯化,鉴定,信号条件交替回路(signal condifioningcricuifny)等,还有逻辑on-board智能。
Soane et al.在题为U.S.Patent 5,126,022“Method and Device for MovingMolecules by the Applicafion of a plurality of Electrical Fialds”,中介绍了一种系统,该系统利用电极电势使材料在管道中运动,在那里所需成分将被引导进充满反应活性的抗原-抗体系统的管道内,电离的微粒将在管中运动或与互补成分相结合,进行染色,荧光标记,放射性同位素标记(radiolabel),特异酶标记等化学反应以用于各种不同的目的--如实现自然界中的物理、化学变性等。这就是说明细菌或哺乳动物的细胞或病毒将在电极电势的作用下,在复杂的管道系统中进行分离,它们在管道网络中的运动将取决于运动材料的大小,电性、形状等因素。Clark,U.S.Patent5,194,133题为“Sensor Devices”,介绍了一种进行样品流(sample fluid)分析的传感设备,该设备中的底质表面上形成了包含某种材料的加长微电机管道(micromachined channel),材料可以是淀粉,琼脂糖,藻朊酸盐(alginate),角叉(菜)胶(carrageenan),聚丙烯酰胺聚合凝胶等,它们将在液体经通道时引起样品的分离,被分离的材料可以是某种粘蛋白、抗体、血凝素、某种酶、一系列酶或油脂。
从不同表面上提取DNA的仪器也有介绍。Shukla U.S.Patent 5,340,449,题为“Apparatus for Electroelution”的专利中介绍了一种系统方法,用于从固态母体材料表面,如:聚丙烯酰胺、琼脂糖、或类似PVDF等种类的膜上,用电学的方法提取DNA,RNA,蛋白质等大分子物质。材料被从solid phase中提取到按“molecular weight cut-off membranes”划分的容器里。Okano,U.S.Patent5,434,049题为“Separation of Polynucleotides UsingSupporst Having a Plwality of Electrode-Containing cell”介绍了一种在样品中鉴定一系列目标多(聚)核苷酸的方法,该方法是对每一个小室施加电压,使其像电极一样对捕获的多(聚)核苷酸进行提取,被提取的材料将可以进行收集。
一般的说,以前这些精细加工是要消耗很多时间和劳动的,各个步骤和步骤之间都需要人的参与。如此复杂的复合步骤是不理想的,因为有污染和操作失误的可能性。而某些步骤中使用的复杂机械和自动化系统一般来说又是异常昂贵,这还不用说花销奢侈,占地面积巨大的大型实验室。
从上述讨论中不难看出,已经出现了很多开发高效样品分离与预备反应的技术的尝试,但是鉴于上述原因,这些技术还是有限的,不足的,还不能够简便的形成一个能够进行完整的DNA诊断分析的系统。长时间以来,对这样一个系统的需求,一直没有得到满意的解决。
现在依然存在着对能提高双向电泳分离生物细胞能力,并能提高分离出细胞的稳定性的装置和方法的需求。也还存在着对能提高细胞的准备与分析水平,并能将细胞分离、预备、分析整合到一个系统的方法的需求。
发明概述
本发明广泛地涉及到在分子生物学样品的电学分离,电裂解,及诊断分析中使用的仪器和方法。特别是用于通过双向电泳实现细颗粒的无流道分离、对被分离出的细胞进行直流高压脉冲电裂解、样品纯化(即:从细胞裂解物,这样的粗制混合物中分离出所需的成分)、以及酶促反应等的设备和方法。所有这些都可以在单一的生物芯片上完成,这是靠样品中不同成分的不同的迁移率和亲和性来实现的。
本发明的一个方面是一种具有多个包被电极的微型硅芯片组成的装置,电极由一层旨在防止电极与样品直接接触的保护层包被。一个被包被的流动单元(FLOW CELL)与芯片结合在一起,形成一个有入口与出口的密封的空间,该密封空间将被连接到塑料管道以使得材料可以通过入口,出口分别进行输入,输出。
这个装置的典型使用方法包括:制备将要导入的、随后进行双向电泳的细胞样品(例如,在细胞分离缓冲液中的悬浮物);将样品导入流动仓(FLOW CHAMBER)中(通过泵的作用);将样品放置在电场中,实现所需细胞从样品中进行双向电泳分离;通过泵作用使溶液流经流动单元(FLOW CELL)以洗去不需要的细胞;对所需细胞施加一系列的电脉冲来使其裂解;最后按照所需进行细胞裂解物的酶促反应。
本发明的主要目的是提供一套实现细胞分离,裂解和酶促反应的装置和方法。
此外这项发明的另一目标还有:提供一套装置方法,使得细胞分离,分解,酶促反应可以由单一芯片来完成,以避免移液,离心等机械操作。
本发明的另一个目的是提供一套装置和方法,将电极装置,缓冲液,渗透层的使用结合起来,以完成所需细胞的均一分离。
本发明的再一个目的是提供一套装置方法,以通过渗透层的使用,来完成对所需细胞的均一分离,并使得细胞在流动仓(FLOWCHAMBER)上及电极上的非特异性吸附的可能性变的最小。
本发明的还一个目的是提供一套装置方法,使得在流动仓(FLOWCHAMBER)中没有管道(CHANNEL)的情况下,能够轻松的洗去不需要的细胞。
本发明的又一个目的是提供一种裂解被电极捕获的所需细胞的方法,该方法是在电极上以一种高度局域化,受控制的模式使用一系列高电压直流脉冲,从而使DNA、RNA或蛋白质可以完整的从细胞中释放出来。
本发明的再一个目的是在同一个流动仓中实现细胞裂解物的酶促反应,使核酸从杂质蛋白中分离出来,且不引起DNA、RNA的任何损失。
本发明的又一个目的是在一个单一芯片上的独立的流动仓中,完成一步或多步上述操作,如细胞分离、裂解,去除DNA和RNA中的蛋白质的酶促反应,DNA和RNA的核酸酶(NUCLEASE)消化,DNA或RNA的杂交、免疫实验,以及配体结合反应(ligand binding reaction)等。
附图的简要说明
图1:显示本发明的装置的项视图,它携带一个微芯片及其一个流动仓,该流动仓包括流体管道和一个监测窗。
图2:包被渗透层的芯片的示意图,显示出了一些圆形电极及反电极。
图3A:棋盘布局形式电装置的示意图,该装置由一组5×5放置的圆形电极组成,每个电极具有与其最邻近的电极相反的偏压(5×5的安排只是示意性质的,该阵列可多于或少于25个电极)。
图3B:交流电场分布的计算机模型示意图,它相应于图3A所示的棋盘形式布局,得到了一种规则分布的电场,电极处是最强场,电极之间的区域是最弱场。
图3C:正方框形式的布局的示意图,框架中放置了5×5的电极,在同一个正方框上的电极具有相同的偏压,它与最邻近的正方框上的电极的偏压相反。
图3D:一幅交流电场分布的计算机模型示意图,它相应于图3C所示的正方框形式的布局。
图4A:芯片的详细视图。
图4B:显示保留在示于图4A的芯片的几个电极上的大肠杆菌细胞样品,并使用示于图3A和3B的棋盘式形式布局从人血细胞(包括红细胞和白细胞)中分离。
图5:显示洗掉人血细胞后的图4B中所示的大肠杆菌细胞。
图6:显示从图4B和图5中所示的大肠杆菌细胞中释放出的核酸样品,并通过施加直流电波浓缩。
图7:显示图6中的核酸的琼脂糖凝胶电泳分析后拍摄的照片,显示电流裂解后从细胞中释放出全部的核酸,包括基因组DNA,超螺旋质粒DNA和RNA。
图8A:显示杂交对照,显示通过电增强杂交对从大肠杆菌释放的质粒DNA的特异性捕获。
图8B:显示图8A中的杂交对照,以及在三明治测试后的结果,其中,来自大肠杆菌的质粒DNA样品被电杂交到额外的探针上。
图9A:显示杂交对照,显示通过电增强杂交对从大肠杆菌释放的核糖体RNA的特异性捕获。
图9B:显示图8A中的杂交对照,以及在三明治测试后的结果,其中,来自大肠杆菌的核糖体RNA样品被电杂交到额外的探针上。
图10A:显示芯片在清洗后的表面。
图10B:显示保留在示于图10A的芯片的电极上的HeLa细胞的样品,并使用示于图3A和3B的棋盘式形式布局从人血细胞(包括红细胞和白细胞)中分离。
图10C:显示了在洗掉人血细胞后的图10B中的Hela细胞样品。
图10D:显示了染色后的图10B和C中所示的Hela细胞。
图11A和B:显示全套的流动仓的截面的示意图,它被设计用来进行细胞分离,细胞裂解,对DNA/RNA的酶促脱蛋白,和/或DNA或RNA杂交。
图12A至D:分别是四种不同微芯片设计的示意图。
最佳实施例的详细描述
本发明包含下述的设备和方法。它们主要是通过双向电泳、直流高压电脉冲裂解,从粗提混合物(如细胞裂解物)中分离所需成分,以及进行细胞裂解物的酶促反应等方法,来完成细胞颗粒的无流道分离,所有这些工作都是在一块生物芯片上完成的。
这项发明的具体装置结构是:
本发明的最佳实施例包括在图1中所示的支架10,包括在印刷电路板14上的微硅芯片12,芯片12中安置的流动单元16,形成一个包括流动管18a、18b的流动仓,及探测窗20。流动仓的最佳体积为10μl。支架10还包括一个输出插头(output pin)22,用以将支架10和电控制器--例如,设备或计算机(没有示出)--之间的电连接。
微芯片12如图2所示(精细结构图如图4A所示)。它包括多个圆形微电极24和相反电极34。为了防止电极和被引入到上面放置的流动单元16的样品直接接触,微电极24最好包被有保护层。(详细说明见下文)。
在一个最佳实施方案中,芯片12包括四个反向电极34和5×5排列的铂金微电极,这是使用已知的标准的半导体制造技术制造的。这里需要说明的是,电极的数量可多可少,这里的5×5只是示例而已。实际上,一个集成有更多电极的芯片,可以回收大量的靶细胞,因此,可以得到更多的核酸。相邻的微电极24间的中心距优选为200μm,每个电极24的最佳直径大约为80μm。
在这个实施方案中,芯片12的制备过程是:首先在热氧化的硅薄膜上喷涂厚100nm的钛钨层,然后在钛钨层上喷涂厚300nm的铂金层。使用光刻技术限定的在王水中的湿刻使喷涂的金属形成图形。低强度(LOWSTRESS)的硅氮化物(1.3μm)和硅氧化物(100nm)的薄层以等离子状态下的化学蒸汽的形式(PLASMA-ENHANCED CHEMICAL VAPORDEPOSITION)沉积在模制后的金属表层。再使用通过光刻术形成图形的干燥等离子蚀刻,穿过介质层蚀刻到电极阵列。芯片12被导线固定在印刷电路板14上(最好与个人计算机内存卡国际组织的个人计算机卡的标准相一致)。
在将芯片12固定在印刷电路板14之后,先用异丙醇清洗,再用去离子水清洗,最后用氮气流吹干。固定有干燥芯片12的电路印刷电路板14被垂直的放置在等离子体清洁仓中,在250m Torr,250W的条件下用氩清洗五分钟。等离子清洁之后,渗透层被加到每个芯片12上。
首先,通过如下步骤制备2.5%浓度的底渗透层(BPL)乙醛酰琼脂糖溶液:将乙醛酰琼脂糖(250mg)(来自Sigma,St.Louis,MO)加到10ml去离子蒸馏水中,混合,煮沸八分钟。完全溶解的琼脂糖溶液使用1.2μm的注射过滤器(syringe filter),热过滤到预热了的Eppendorf 试管(65℃)中。再将被过滤的琼脂糖溶液在65℃平衡五分钟。接下来是顶渗透层(TPL)的制备。先将抗生蛋白链菌素(streptavidin,Boehringer Mannheim,Indianapolis,IN)加入到含有氯化钠(250mM)和磷酸钠(10Mm,PH7.2)的溶液中,以制备抗生蛋白链菌素(streptavidin)溶液(5mg/ml)。将抗生蛋白链菌素(streptavidin)溶液与等温的(temperature equilibrate)BPL溶液合并,形成2%的琼脂糖和1mg/ml的抗生蛋白链菌素(streptavidin)。将热的BPL溶液(50μl)加到每块芯片上,并使用旋转涂布器(EC101D,HeadwayResearch,Garland,TX),在室温,2500rpm的条件下旋转20秒。在BPL凝固以后,再在上面加入热的TPL溶液(50μl),在室温,在旋转涂布器中在10000rpm的条件下旋转20秒。最后,将包被好的芯片放在37℃烘烤30分钟。
在乙醛酰琼脂糖和抗生蛋白链菌素的伯胺基之间的西佛碱(schiffbase)式连接可以被新配制的氰硼氢化钠(sodium cyanoborohydride)(0.2M)/硼酸钠(0.3M)溶液还原。反应条件是在室温,pH9.0的环境中作用1小时。剩下的醛基基团可以在硼酸钠(0.3M)存在的条件下被甘氨酸缓冲溶液加帽(CAPPED),反应条件是在室温,PH9.0的环境中作用30分钟。最后,芯片用去离子水清洗5分钟,在空气中风干4小时,然后在4℃的条件下保存。
本发明中的支架10的制备过程如下:选一块做好的芯片12/印刷电路板14,用胶将聚碳酸酯铸造(polycarbonate molded)的流动单元16固定在芯片上,在200W UV光下使用UV胶(NORLAND 68,Thorlabs,NewBrunswick,NJ)固定四十五秒钟(4焦耳/CM2)。最好用相似的方法,把玻璃盖片粘在流动单元顶部,以形成一个密封的流动仓。输入输出塑料管(18a,18b)通过引导附件(lure fittings)26分别粘接在输入输出口上。
这样支架10已经做好,可以用来进行实验了。一个实验是进行大肠杆菌(E.coli)细胞的分离,裂解,和酶促反应的;另一个实验是关于宫颈癌细胞的分离的。
大肠杆菌实验
首先是按照常规的技术培养细胞。一段296bP大的基因片段从沙门肠炎杆菌的SpaO编码区取出并放大,然后用INVITROGEN T/A克隆试剂盒(INVITROGEN,San Diego,CA)克隆到pCR2.1质粒(3890 bp)上。按照试剂盒的说明来进行连接,连接产物被用来转化具有INVαF’能力的大肠杆菌。将转化株在LB平板培养基中生长,培养基中包括100μg/ml的氨苄青霉素,80μl的x-gal(20 mg/ml),4μl异丙基硫代-β-D-半乳糖苷(40mM),进行蓝/白颜色筛选。为了筛选克隆,挑选出10个白色茵落,裂解并释放DNA用于分析。这些DNA用SpaO特定引物通过PCR进行扩增,同时用凝胶电泳检验扩增产物。将一个在PCR筛选中为阳性的克隆在37℃,每分钟震动225次的条件下,在LB氨苄青霉素液体培养基(100μg/ml)中过夜培养。
然后,按照常规的方法准备细胞培养物。制备细胞分离缓冲液,它包括0.05×TBE(4.5μM Tris,4.5μM硼酸,0.1μM EDTA,PH8.2),250 mM蔗糖,PH 8.2。此缓冲溶液的导电率用Accumet PH Mrter 50(Fisher Scientific,Pittsburgh,PA)测量是114μS/cm。对细胞分离时的导电率进行精心选择,以确保大肠杆菌细胞在双向电泳中处于阳性,而所有的普通人血细胞在双向电泳中都是处于阴性。培养的大肠杆菌细胞悬浮液(1ml)在325×g条件下离心4分钟,除去上清液。将细胞团粒在细胞分离缓冲液中洗涤(1ml),并在上述同样的条件下进行立新。细胞然后再次在细胞分离缓冲夜中悬浮。再将新鲜的EDTA-抗凝血人血(20μl)加入大肠杆菌细胞悬浮液中(1ml),至此完成细胞培养。
细胞培养被引入本发明的支架10中,用双向电泳分离大肠杆菌细胞。支架10被放置在NIKON相差显微镜的平台上。光源的提供是环形光源(ring light)(Precision MicroOPtics,Irvine,CA)。图象信号的收集通过10倍物镜由CCD/RGB彩色摄象机(Sony DXC-151,Mikron Instruments,San Diego,CA)完成。同时用Sony VCR记录,并由Sony电视监视器监控。液体通过蠕动泵(Model RP-1,Rainin Instrument,Woburm,MA)使液体流经管道18和流动单元16。电极24的信号由一个功能/随意波形发生器产生(Model hp33120A,Hewlett-Packard,Santa Clara,CA),并由示波器所显示(Model HP54600,Hewlett-Packard)。
细胞培养物在双向电泳之前,必须进行计算机模型和双向电泳设计研究。为了使人血细胞被更容易洗脱,最好大肠杆菌细胞进行阳性双向电泳,人血细胞进行阴性双向电泳。在阳性双向电泳力的作用下,大肠杆菌细胞向阳性场最大的电极区域移动。在阴性双向电泳的力的作用下,人血细胞向阴性场最大的区域移动。此种情况发生的几率,一般来说是以计算机模型和双向电泳设计为基础的。
双向电泳的基本原理是诱导极性粒子在非均一电场中移动,该原理已经被广泛的研究了。例如:R.Pethig,“Dielectrophoresis:UsingInhomogeneous AC Electrical Fields To Separate and Manipulate Cell”,Crit.Rev.Biotech.,16:331-48(1996);X.Wang,et al.,“A Unified Theory ofDielectrophoresis and Travelling Wave Dielectrophoresis”,J.Phys.D:Appl.Phys.,:27:1571-75(1994);G.Fuhr,“Cell manipulation and CultivationUnder AC Electric Field Influence in Highly Conductive CultureMedia”,Biochim.Biophys.Acta 1158:40-46(1993);and M.Washizu,"Molecular Dielectrophoresis of Biopolymers″,IEEE Trans.IndustryApplicat.30:835-43(1994)。双向电泳现象一般可以由势能描述ψ=- m· E
其中m是在非传导性媒介中悬浮颗粒的瞬间感生偶极子;E是应用的电场。因此,双向电泳力作用于粒子可以写为势能梯度。
当离子有净电荷为0时,并且周围的介质为各向同性时,平均势能可以被简化为:
其中,p是在v体积内的悬浮颗粒的有效极化率。极化率的数值和符号是由粒子和介质的介电常数,及其外加电场的频率来决定。R.Pethig,"Dielectrophoresis:Using Inhomogeneous AC Electrical Field To SeparateAnd Manipulate Cells",Crit.Rev.Biotech 16:331-48(1996)。在稳态,具有阳性极化率粒子(p>0)就会倾向于处在高场区域;具有阴性极化率粒子(p<0)就会倾向于处在低场区域。
为了模拟在本发明的电极24周围的电场的分布,要做以下两个假设:首先,无论芯片还是流动仓的低频区域的线性长度要比外加直流场的波长小的多。其次,样品溶液是中性的。在这样两个假设下电场可以由解Laplace等式来解决本实验框架中的特别定位结构。
▿ 2 φ = 0 ; E ‾ = - ▿ φ
(φ是电势)电极固定限制条件的电势。在芯片其余部分正常电流是0,在阳极电极φ=V0;在阴极电极φ=0,在芯片其他部分及流动仓中δφ/δn=0。
因此,样品溶液中的电场及极性粒子的势能的数值可以由有限积分的方法算出。K.Binns,"The Analytical and Numerical Solution of Electric andMagnetic Fields"(John Wiley & Sons,N.Y.1992)
大肠杆菌细胞受双向电泳阳性力驱动的频率,血细胞受双向电泳阴性力驱动时的频率是根据细胞混合物在不同的条件下通过经验决定的。研究是通过逐步的增加正弦信号的频率(峰峰值是10伏特)来进行的,起始时频率为5KHz。当频率达到10KHz时,大肠杆菌和其他的人血细胞的分离就可以被清楚的观察到了。这些电参量被用于后面的大肠杆菌的分离中。
为了在细胞培养物中实现大肠杆菌细胞从血细胞中的分离,采用了一个没有使用过的支架10装置。首先用分离缓冲液洗涤支架10上的芯片12,分离缓冲液是由样品/缓冲液储集器28通过管18和流动单元16泵出的。接下来,细胞培养物被泵入流动单元16,随后泵关闭。整个电极24的阵列(也就是所有25个电极是5横5纵的阵列)被按照棋盘偏压形式布局排列,以达到强场在每个电极,弱场处于电极之间的区域的要求。如图3A-3B所示,采用峰峰值为10伏特的10KHz的正弦信号。如图4B所示(对照图4A),大肠杆菌细胞30(在电极24的强场区域所收集的)从人血细胞(在电极24之间的弱场区域所收集的)中的分离过程,大致需要4分钟。随后,泵重新启动,进行清洗过程。
使用了图3A中所示的棋盘偏压形式布局(checkerboard biasing format)而不是图3C所示的正方框行布局(square wall format)。由图3B可以看出,相应于棋盘形式布局的场分布形成了强场位于每个电极处,弱场处于电极之间的区域的均一的分布,但是,如图3D所示,正方框型布局就无法使强场散布在电极之间。之所以这种弱场散布于电极之间的布局(如图3B所示)成为首选,是因为这样的布局可以洗脱那些不需要的细胞(就是那些聚集于弱场之中的细胞),而毫不干扰到所需的细胞(就是保留在电极处的细胞)。这是因为需要的细胞和电极并不位于液体流动的通路上,因此并不阻碍含有不需要的细胞的洗脱液的流动。特别要明了的是这种棋盘形式布局最基本的结构是由成组的电极所构成的,每一组电极都和其最近的相邻电极加上相反的偏压。
当细胞培养混合样品即将从样品/缓冲储集器28中抽干时,由流动单元16中加入分离缓冲液,洗涤剩余的样品,此过程中交流信号保持接通。如图5所示,(对照图4B)整个过程洗净除去了人血细胞,而保留了大肠杆菌细胞30。洗涤后,含有蛋白酶K(490μg,Boehringer Mannheim,Indianapolis,IN)的分离缓冲液(300μl)由流动单元16泵入流动仓,以降解蛋白,使其分子量变小。
接下来用电裂解来完成所得到的大肠杆菌细胞的裂解。为了裂解细胞,需要在4个反电极34(图2)和25个较小的细胞收集电极中施加连续脉冲(500V,50μs脉冲幅宽)。脉冲按以下方法进行:每20次脉冲的极性在两组电极24和34之间交替改变。每个裂解过程总共采取400次脉冲。交替改变脉冲,是用来拉动、推动细胞内物质,使其冲出细胞。图6表示核酸36的样品是由大肠杆菌细胞中释放出来,并在交流波作用下浓缩的。
这些裂解产物的混合物于50℃下保温20分钟,以消化污染DNA的杂蛋白。这些裂解产物被泵出流动单元16,并收集。双向电泳分离和电裂解结合在一起,重复6次,并将所有裂解产物都集中起来,以准备用于分析。
聚集的裂解产物在16000×g下离心5分钟,回收上清夜。然后向溶液中加入两倍体积的冰乙醇(-20℃),混合,在16000×g下离心10分钟,除去上清夜;沉淀在空气下干燥。再用0.05×TBE缓冲液(300μl)溶解沉淀。取出30μl的再溶解溶液与含有RNase的溶液(3μl,10mg/ml,Boehringer Mannheim)混合。混合溶液在37℃下保温30分钟。
接下来采用凝胶电泳方法分析收集产物。将600mg融化琼脂糖溶于50ml 1×TBE缓冲液以配制1.2%琼脂糖凝胶,在琼脂糖溶液凝固之前加入2.5μg溴化乙锭(Ethidium bromide)。被蛋白酶K处理的裂解产物样品,无论是否经过RNase的处理,与标记DNA(marker DNA)一起被加样到凝胶之上。图7是图6中的核酸经琼脂糖凝胶电泳后的照片,显示了在电裂解后的从细胞中释放出来的全部核酸(包括基因组DNA,超螺旋DNA和RNA)。
下面进行的是DNA杂交实验。将能与质粒DNA的SpaO区域特异性结合的寡核苷酸捕获探针的3′端与生物素相结合。用50mM的L-组氨酸缓冲液稀释探针,配制浓度为500nM的探针溶液。捕获探针被固定在检验微位点上,该检验微位点包括抗生蛋白链菌素,同时电极24加以阳性偏压。电偏压是通过在每个电极24上保持200nA的电流1分钟来实现的。随后,剩余的探针溶液被移走,芯片12用50mM的L-组氨酸缓冲液清洗。用于对照的探针(ATA5和GAS探针)的固定用上述同样的方法来实现。
将部分蛋白酶K作用后的裂解产物在L-组氨酸缓冲液中相应稀释3和5倍以易于DNA的杂交。稀释后的裂解产物样品在100℃水浴10分钟,使DNA成片段形式(最终DNA的大小在300bp-1Kbp),并成为单链DNA。为了验证对照的存在,可以将450nA的电流保持三分钟,使得能与捕获探针ATA5特异结合的RCA5合成寡聚核苷酸靶片断(见:F.Becker,etal.,"Separation of Human Breast Cancer Cells From Blood By DifferentialDielectric Affinity,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 92:860-64(1995))平行地与被固定的ATA5探针及其附近的非特异性的GAS探针进行电杂交。当捕获过程结束后,加入新配的L-组氨酸缓冲液以替代原有的缓冲液,进行电严谨清洗。冲洗是通过在一次给每列加150个直流脉冲的条件下,每间隔0.2秒开,0.1秒关通以1μA/pad的电流来实现的。
进行三明治杂交实验的过程中,报道探针是按以下方法进行杂交反应的。先在室温条件下,用含有超声波降解变性的的小牛胸腺DNA(100μg/ml,Sigma,St.Louis,MO)的1×STE缓冲液浸泡芯片12五分钟。然后排除缓冲液,将15微升混合液(即含有500mM报道探针和上述的小牛胸腺DNA的1×STE缓冲液)加到芯片12上,室温保持五分钟。接下来,用15微升用0.2×STE配制的1%SDS缓冲液清洗五遍,再用五毫升相同缓冲液室温浸泡十分钟。最后用0.2×STE清洗五遍。
图8A所示为用于电增强靶捕获从大肠杆菌释放的质粒DNA杂交对照37。图8B所示为三明治实验后的结果,在三明治实验中,从大肠杆菌释放出的质粒DNA38与其他的探针进行了电杂交。如图8A所示,寡聚核苷酸探针的化学固定作用完全按期望进行(即固定的探针能与寡聚核苷酸结合)。如图8B所示,从电裂解中得到的大肠杆菌质粒DNA38经热处理后,可以直接用来进行以杂交为基础的实验,它有很强的可重复性,而不需要一个酶促扩增的过程。
接下来进行的是RNA杂交反应。能与16S RNA进行杂交的寡聚核苷酸捕获探针的序列为:5′-XGAGTTGCAGACTCCAATCCGGACTACGACGCACTTTA-3′,它的3′末端与生物素结合。用50mM的L-组氨酸缓冲液稀释探针,配制浓度为500nM的探针溶液。将捕获探针固定在含有抗生蛋白链菌素的微位点上,并且下面的电极被加上正偏压。加正偏压是通过将每一个电极的电流保持在200nA并保持一分钟来实现的。此后,剩余的探针溶液将被转移出,再用50mM的L-组氨酸缓冲液来清洗芯片。用于对照的探针(ATA5和GAS探针)的固定也可用同样的方法来实现。
为测试对照,通过将每个电极的电流保持在450nA并保持三分钟,将特异于捕获探针ATA5的合成RCA5寡聚核苷酸靶与固定的ATA5探针及其附近的非特异性的GAS探针平行进行电杂交。合成寡聚核苷酸靶5′-AATGGCGCATACAAAGAGAAGCGACCTCGCGAGAGCAAGCGGACCTCATAAAGTGCGTCGT AGTCCGGATTGGAGTATGCAACTCG-3′的捕获是用相同的方法实现的。为了便于16S RNA的杂交,将部分的用蛋白激酶K处理过的细胞裂解物在L-组氨酸溶液中分别稀释三倍和五倍。这里也使用了用于上述的质粒DNA杂交的稀释的细胞裂解物样品。当捕获过程完成以后,加入新配的Tris-磷酸缓冲液(20mM的Tris碱,20mM的磷酸氢二钠(dibasic sodium phosphate),pH9.0)以替代L-组氨酸缓冲液来完成电严谨清洗。仅使用L-组氨酸缓冲液来完成简单的电严谨清洗不足以有效地清除非特异性结合的RNA。而用Tris-磷酸缓冲液可以在和温和的电场条件下获得比使用L-组氨酸缓冲液好很多的效果。冲洗是通过在一次给每列加70个直流脉冲的条件下,每间隔0.2秒通以0.1秒750nA/pad的电流来实现的。
进行三明治杂交实验的过程中,报道探针是按以下方法进行杂交反应的。先在室温条件下,用含有超声波降解变性的的小牛胸腺DNA(100μg/ml,Sigma,St.Louis,MO)的1×STE缓冲液浸泡芯片12五分钟。然后排除缓冲液,将15微升混合液(即含有500mM报道探针和上述的小牛胸腺DNA的1×STE缓冲液)加到芯片12上,室温保持五分钟。接下来,用15微升用0.2×STE配制的1%SDS缓冲液清洗五遍,再用五毫升相同缓冲液室温浸泡十分钟。最后用0.2×STE清洗五遍。
图9A所示为用于电增强靶捕获从大肠杆菌释放的核糖体RNA的杂交对照39a。图9B所示为三明治实验后的结果,在三明治实验中,从大肠杆菌释放出的核糖体16S RNA 39b与其他的探针进行了电杂交。如图9A所示,寡聚核苷酸探针的化学固定作用完全按期望进行(即固定的探针能与寡聚核苷酸结合)。如图8B所示,从电裂解中得到的大肠杆菌核糖体RNA 39b经热处理后,可以直接用来进行以杂交为基础的实验,它有很强的可重复性,而不需要一个酶促扩增的过程。
宫颈癌实验
如上所述,支架10也用来从外周血细胞混合物中分离培养的宫颈癌细胞(HeLa cell)。
首先,按照常规方法制备细胞培养物。这种由人子宫颈肿瘤而来的表皮癌细胞系,是由San Diego的Califomia University的核心细胞培养机构完成的。其生长培养基(250ml)的制备是通过将L-谷氨酰胺(2.5ml,BRL life Technologies)及胎牛血清(25ml,Gemini Bio-Products)加入到RPMI 1640(222.5ml,BRL Life Techinologies)中制备的。为了检验介质的无菌性,取出一部分介质(3ml)转移到锥型试管(15ml)中,试管松口置于5%的CO2的培养箱中(National)。37℃下,培养一周。在此一周中,每天都要检查试管的污浊状况。接下来,一小瓶冰冻的细胞迅速在37℃下水浴,并加以搅拌,使之很快的解冻。立刻将同等体积的预热后的培养基加入细胞液中,然后将混合物转移至锥型试管(15ml)中。再加一部分培养基到细胞中(6ml)使最终体积为8ml。细胞在1100 rpm下离心2分钟,成团状。除去上清夜,使细胞沉淀再次在新培养基(10ml)中悬浮。细胞悬浮液置于37℃,5%CO2下培养。采用胰蛋白酶化细胞来收集细胞,然后将其在新鲜培养基中重新悬浮,准备立即使用。细胞量是1×106/ml。
接下来是按照常规方法准备细胞混合物。细胞分离缓冲液成分包括0.0025×TBE(225nM Tris,225 nM硼酸,5nM EDTA,pH 8.2)及250 mM的蔗糖。缓冲液的导电率用Accumet pH Meter 50(Fisher Scientific,Pittsburgh,PA)测量是10μS/cm。对细胞分离缓冲液的导电率进行谨慎的选择,以确保HaLe细胞进行阳性双向电泳,正常的人血细胞进行阴性双向电泳。HeLa细胞培养悬浮液(1ml)在325×g下离心4分钟,除去上清液。用细胞分离缓冲液(1ml)清洗细胞沉淀,并在上述同样条件下进行离心。HeLa在细胞分离缓冲液(1ml)中再次悬浮。新制的EDTA-抗凝血人血(1ml在400g下旋转5分钟,除去上清液,取出压紧的细胞(5μl),加入到Hela细胞悬浮液(1ml)。
此试验中的双向电泳系统除了包括一个用来帮助探测的激光以外,一切如上所述。支架10被放置于分析探针装置中(Model 6000Micromanipulator,Carson City,NV)。通过光纤,通过2个He-Ne 594-nm激光头以一个斜角发射出去(6mW输出功率;ResearchElectroOptics,Boulder,CO)进行激光刺激。图象信号被一个冷却彩色电偶合仪器(CCD)摄象机(DEI-750T,Optronics International,Chelmsford,MA)收集,此摄象机是通过一个8倍物镜(numerical aperture 0.15)和一个630±25nm的频率通过过滤器(band-pass filter)来完成收集的。图象获得是用一个图象获取器(frame grabber)(Scion,Fredericak,MD)和与Macintosh兼容的StarMax 3000/200上的IPLab 3.1.1软件共同实现的。流体泵出是通过蠕动泵(Model RP-1,Rainin Instruments,Woburn,MA)来完成的。电信号有一个功能/随意波形发生器(Model HP33120A,Hewlett-Packard,SantaClara,CA)产生,并且被示波器(Model HP54600,Hewlett-Paclard)所显示。
HeLA细胞用双向电泳从血细胞中分离。首先将芯片12用流动仓中泵出的分离缓冲液清洗,并同时湿润芯片的浸透层,以及去除仓中的气泡。图10A所示的是经过清洗后的芯片12的表面。然后细胞混合物被泵入流动仓,泵关闭。电极24的整个阵列是按如上所述的棋盘形式排布的,并采用峰峰值为6伏30KHz的正弦信号。如图10B所示的,HeLa细胞31(聚集在电极24的峰值区域内)从外围人血细胞32(聚集在电极25的峰谷区域内)的分离过程大约需要3分钟。当细胞样品即将从样品/缓冲液储存器中排干时,分离缓冲液通过流动单元流过以清洗样品剩余部分,此过程中依然显示交流信号,因此使得任何其他的被带入流动仓中的HeLa细胞被吸附在电极24上,存留,而在电极之间收集到的外周人体血液细胞则被冲走。图10C显示了清洗后的芯片表面。
为了证明在电极上的细胞是HeLa细胞,而不是外围淋巴细胞,我们需从同样的血液中制备浅黄色外壳细胞(buffy coat cell),用同样的分离缓冲液稀释,并在相同条件下进行电泳。在这个实验里,我们可以看到淋巴细胞在电极之间的电场峰谷处,并且远离电极,这证明了HeLa细胞确实在电极上。
分离的HeLa细胞按照如下步骤进行荧光染色。在分离缓冲液(100μl)中加入核酸结合的荧光染料和碘化丙锭(propidum iodide)(2μl,1mg/ml;Molecular Probes,Eugene,OR)。当细胞分离结束后,染色缓冲液被泵入流动单元中。在荧光图像(见图10D)被捕捉到前的染色过程需要大概60秒。通过比较结果图像中的细胞与电极直径(已知为80μm)的大小,我们可以得到单个细胞直径估计。电极上的分离细胞的大小在17-34μm之间,这与在反射式显微镜下观察到的HeLa细胞的大小相吻合。另外,通过与淋巴细胞的形状的比较我们更确信了这些细胞是HeLa细胞。如果需要的话,分离的HeLa细胞可以被裂解,并进行上述酶促反应。
在上述双向电泳分离过程中,没有观察到细胞的对流。如上所述,这实现了在干扰最小的条件下,清除掉最初存留在电极上的细胞的目的。
附加设计
图11A和11B表示了一种用于进行细胞分离,细胞裂解,DNA/RNA的酶促脱蛋白过程,和/或DNA或RNA杂交的全套支架10的截面示意图。支架10包括一个在微芯片12上的U形流动单元仓16。微芯片12在U形仓的一个臂40a中有一组25个电极24a和四个反电极34a组成阵列,而在U型仓的另一个臂40b中有一组由9个电极24b组成的阵列。应该注意,电极组阵列中的电极数量可以不必与图示中相同,图中的电极数量只是举例说明而已,而不是一种限定。软管18a,18b,18c通过接口42a,42b,42c接到流动仓16上,这给流动仓中液体的流入流出提供了通道。
采用如图11A和11B那样的U形流动仓的一个优点在于,它可以使不同的过程在不同的空间中完成而无须移动或重新导入样品。比如,如图11A所示,软管18c关闭,样品通过软管18a引入。如上所述就可以那样在电极24a处分离、裂解所需细胞。然后,如图11B所示,关闭软道18a并打开软管18c,通过控制流经流动单元的液体流,在单元16中的不同电极上施加偏压,使得细胞裂解物中的所需部分从U形管臂的40a移动到管臂40b。然后,如在电极24b中,细胞裂解物被用来进行杂交或其它酶促反应。这种划分空间的方法的另一个优点是避免了细胞裂解物中未洗净的杂质成分的干扰。
图12A-D是可用于本发明的四种不同芯片设计的示意图。图12A所示芯片设计是用来研究双向电泳和电裂解中电极的最佳直径的。我们相信,通过采用由微电极覆盖更大面积的新设计的芯片,可以在更短的时间内得到更高产量的所需细胞。
图12B表示了一种融合了如前所述的双向电泳和移动波加速特点的芯片设计。图12B中的芯片设计是靠在双向电泳分离细胞(使用中央微电极阵列)过程中引入移动波(使用full face power supply)来实现细胞悬浊液的环形移动的。
图12C和D所示是用来测定移动波分离和传输细胞的芯片设计。
本发明的一些实施例对本发明的实现和应用方法进行了详细的描述,它很明显的会被同领域技术人员所轻松掌握了,但是对本发明的某些改变或修饰,并不分离开所附权利要求所要求保护的精神及范围。

Claims (25)

1、一种用于至少可以完成生物学样品的分离、裂解、酶促反应中的其中一种功能的装置,该装置包含:
一个用于接受生物学样品的近似U形的无流道的流动仓,和
含有多个电极的生物电芯片,其中这些电极被安置在流动仓中,并且每个都能被加上偏压,其中在流动仓中的芯片和电极表面有渗透层包被,以防止生物样品与所说的表面直接接触。
2、按照权利要求1所述的装置,其中所述的多个电极至少组成一个阵列。
3、按照权利要求2所述的装置,其中所述的多个电极组成两个阵列。
4、按照权利要求1所述的装置,其中的流动仓包括固定于生物电芯片上的被覆盖的流动单元。
5、按照权利要求1所述的装置,其中渗透层可在其上固定捕获探针。
6、按照权利要求1所述的装置,其中的流动仓有大约10微升的容积。
7、按照权利要求1所述的装置,其中的电极是按棋盘偏压形式排列的。
8、按照权利要求1所述的装置,其中的每个电极的定位使每个电极被加上与最邻近的电极相反的偏压。
9、按照权利要求1所述的装置,其中所述的多个电极包括若干组电极组,其中,每个组的定位使每个电极组被加上与最邻近的电极组相反的偏压。
10、按照权利要求1所述的装置,还包括至少一对能通过电极和反电极间的一系列脉冲完成电裂解的反电极。
11、按照权利要求10所述的装置,包含两对反电极。
12、权利要求1中所述的装置,还包括固定在流动仓电极表层上的渗透层上的捕获探针。
13、按照权利要求13所述的装置,其中的捕获探针包括抗体和配体中的至少一种。
14、一种用于完成生物样品的分离、裂解和酶促反应中的至少一种的装置,包含:
一个用于接受生物样品的U形无流道流动仓,
一个包含多个电极的生物电芯片,其中这些电极被安置在流动仓中并且每一个都能被加偏压,并且
其中U形流动仓包括有第一臂和第二臂,所说的多个电极包括至少两个阵列,并且其中一个电极阵列被安置在第一臂上,一个电极阵列被安置在第二臂上。
15、按照权利要求14所述的装置,其中的电极按棋盘式偏压形式排列。
16、按照权利要求14所述的装置,其中还包括有两对反电极,通过电极和所说的反电极之间的一系列脉冲能够完成电裂解。
17、按照权利要求14所述的装置,其中,流动仓包括固定在生物电芯片上的被包被的流动单元。
18、按照权利要求17所述的装置,其中,流动仓中的芯片和电极表面被一渗透层包被,渗透层可在其上固定捕获探针。
19、按照权利要求18所述的装置,其中,捕获探针包括抗体和配体中的至少一种。
20、一种处理包括需要的细胞材料与不需要的细胞材料的混合物的生物样品的方法,这种处理是在一种双向电泳系统中完成的,该双向电泳系统包括一个具有一个电极阵列的流动仓,该方法包括以下几个步骤:
将细胞混合物悬浊液引入该系统的流动仓中;
通过对棋盘式排列的电极施加偏压对该细胞混合物悬浊液施加电场,从而使需要的细胞集中在电极处,不需要的细胞集中在电极之间;
从流动仓中冲洗去不需要的细胞。
21、按照权利要求20所述方法,还包含一个对这些细胞施加一系列的具有交替的极性的电脉冲使保留在流动仓中的需要的细胞裂解的步骤。
22、按照权利要求21所述方法,还包括一个对系统的流动仓中裂解的材料进行酶促反应的步骤。
23、一种处理包括需要的细胞材料与不需要的细胞材料的混合物生物样品的方法,这种处理是在一种双向电泳系统中完成的,该双向电泳系统包括一个流动仓,该流动仓具有一个用于分离和裂解的第一电极阵列,和一个第二电极阵列,该第二电极阵列包括用于杂交的寡核苷酸捕获探针,该方法包括以下几个步骤:
将细胞混合物悬浊液引入系统的流动仓中;
通过对棋盘式排列的第一电极阵列施加偏压对该细胞混合物悬浊液施加电场,从而使需要的细胞集中在电极处,不需要的细胞集中在电极之间;
从流动仓中冲洗去不需要的细胞;
通过对这些细胞施加一系列的具有交替极性的电脉冲裂解保留在系统的流动仓中的需要的细胞;
对系统的流动仓中的裂解的材料进行酶促反应;和
通过暴露于第二电极阵列杂交酶促反应产物。
24、一种处理包括需要的细胞材料与不需要的细胞材料的混合物生物样品的方法,这种处理是在一种双向电泳系统中完成的,该双向电泳系统包括一个流动仓,该流动仓具有一个用于分离和裂解的第一电极阵列,和一个第二电极阵列,该第二电极阵列包括用于杂交的寡核苷酸捕获探针,该方法包括以下几个步骤:
将细胞混合物悬浊液引入系统的流动仓中;
通过对棋盘式排列的第一电极阵列施加偏压对该细胞混合物悬浊液施加电场,从而使需要的细胞集中在电极处,不需要的细胞集中在电极之间;
从流动仓中冲洗去不需要的细胞;
通过对这些细胞施加一系列的具有交替极性的电脉冲裂解保留在系统的流动仓中的需要的细胞;
对系统的流动仓中的裂解的材料进行酶促反应;和
将该酶促反应产物暴露于第二电极阵列进行配体结合。
25、按照权利要求24所述的方法,其中的配位结合体为被固定的抗体。
CNB99803469XA 1998-01-30 1999-01-26 通过双向电泳在一种生物电芯片上无流道分离生物颗粒 Expired - Fee Related CN1170942C (zh)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US09/016,596 US6071394A (en) 1996-09-06 1998-01-30 Channel-less separation of bioparticles on a bioelectronic chip by dielectrophoresis
US09/016,596 1998-01-30

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN1291913A true CN1291913A (zh) 2001-04-18
CN1170942C CN1170942C (zh) 2004-10-13

Family

ID=21777962

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CNB99803469XA Expired - Fee Related CN1170942C (zh) 1998-01-30 1999-01-26 通过双向电泳在一种生物电芯片上无流道分离生物颗粒

Country Status (12)

Country Link
US (3) US6071394A (zh)
EP (1) EP1053055B1 (zh)
JP (1) JP2002502047A (zh)
KR (1) KR100512518B1 (zh)
CN (1) CN1170942C (zh)
AT (1) ATE246040T1 (zh)
AU (1) AU743074B2 (zh)
BR (1) BR9908349A (zh)
CA (1) CA2319705C (zh)
DE (1) DE69909971D1 (zh)
NZ (1) NZ505858A (zh)
WO (1) WO1999038612A1 (zh)

Cited By (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101111762B (zh) * 2004-11-26 2011-01-12 鲁杰罗马西莫电气合股公司 通过双向电泳同时分离生物分子的方法和仪器
CN101231262B (zh) * 2008-02-22 2011-09-14 东南大学 用于单细胞组学的方法
CN103627788A (zh) * 2013-08-21 2014-03-12 中山大学达安基因股份有限公司 一种电化学基因传感器生物芯片的制备方法
CN103894248A (zh) * 2014-04-09 2014-07-02 国家纳米科学中心 一种单细胞分析用微流控芯片和系统及单细胞分析方法
CN107615041A (zh) * 2015-10-07 2018-01-19 Afi技术公司 检查装置、检查系统以及检查方法
CN111250183A (zh) * 2020-02-17 2020-06-09 北京中科生仪科技有限公司 一种微流控系统用注液泵驱动装置
CN111936862A (zh) * 2019-03-11 2020-11-13 京东方科技集团股份有限公司 微流道及其制备方法和操作方法
CN112986556A (zh) * 2021-05-12 2021-06-18 佛山微奥云生物技术有限公司 一种用于快速检测的芯片及其加工方法

Families Citing this family (208)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6197508B1 (en) 1990-09-12 2001-03-06 Affymetrix, Inc. Electrochemical denaturation and annealing of nucleic acid
US6129828A (en) 1996-09-06 2000-10-10 Nanogen, Inc. Apparatus and methods for active biological sample preparation
US7582421B2 (en) * 1993-11-01 2009-09-01 Nanogen, Inc. Methods for determination of single nucleic acid polymorphisms using a bioelectronic microchip
US7314708B1 (en) * 1998-08-04 2008-01-01 Nanogen, Inc. Method and apparatus for electronic synthesis of molecular structures
US6403367B1 (en) * 1994-07-07 2002-06-11 Nanogen, Inc. Integrated portable biological detection system
US6071394A (en) * 1996-09-06 2000-06-06 Nanogen, Inc. Channel-less separation of bioparticles on a bioelectronic chip by dielectrophoresis
US7857957B2 (en) * 1994-07-07 2010-12-28 Gamida For Life B.V. Integrated portable biological detection system
US6379897B1 (en) 2000-11-09 2002-04-30 Nanogen, Inc. Methods for gene expression monitoring on electronic microarrays
US6355436B1 (en) 1996-05-17 2002-03-12 L'ecole Centrale De Lyon Method for analyzing biological substances in a conductive liquid medium
EP1030912A4 (en) * 1997-11-14 2007-01-10 California Inst Of Techn DEVICE FOR CELL SYSE
US20020144905A1 (en) * 1997-12-17 2002-10-10 Christian Schmidt Sample positioning and analysis system
JP3486171B2 (ja) 1997-12-17 2004-01-13 エコル・ポリテクニック・フェデラル・ドゥ・ロザンヌ(エ・ペー・エフ・エル) ミクロ構造キャリア上における細胞単体および再構成膜系のポジショニングおよび電気生理学的特性決定
US20050053962A1 (en) * 1998-01-27 2005-03-10 Gary Blackburn Amplification of nucleic acids with electronic detection
US7875440B2 (en) 1998-05-01 2011-01-25 Arizona Board Of Regents Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules
US6780591B2 (en) 1998-05-01 2004-08-24 Arizona Board Of Regents Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules
US6387632B2 (en) * 1998-06-11 2002-05-14 Hitachi, Ltd. Polynucleotide separation method and apparatus therefor
US6093370A (en) * 1998-06-11 2000-07-25 Hitachi, Ltd. Polynucleotide separation method and apparatus therefor
GB9812783D0 (en) 1998-06-12 1998-08-12 Cenes Ltd High throuoghput screen
US20020012916A1 (en) * 1998-10-14 2002-01-31 Gundling Gerard J A method of reducing contamination in an essay vessel
BR9916840A (pt) * 1998-12-23 2001-10-09 Nanogen Inc Sistema de detecção biológica portátil integrado
US6294063B1 (en) 1999-02-12 2001-09-25 Board Of Regents, The University Of Texas System Method and apparatus for programmable fluidic processing
US6858439B1 (en) * 1999-03-15 2005-02-22 Aviva Biosciences Compositions and methods for separation of moieties on chips
CN1181337C (zh) 2000-08-08 2004-12-22 清华大学 微流体系统中实体分子的操纵方法及相关试剂盒
US6821770B1 (en) 1999-05-03 2004-11-23 Gen-Probe Incorporated Polynucleotide matrix-based method of identifying microorganisms
WO2000066785A2 (en) * 1999-05-03 2000-11-09 Gen-Probe Incorporated Polynucleotide probes for detection and quantitation of bacteria in the family enterobacteriaceae
US6811668B1 (en) 1999-06-22 2004-11-02 Caliper Life Sciences, Inc. Apparatus for the operation of a microfluidic device
EP1360992A3 (en) * 1999-06-22 2004-05-19 Caliper Life Sciences, Inc. Apparatus for the operation of a microfluidic device
US6818395B1 (en) * 1999-06-28 2004-11-16 California Institute Of Technology Methods and apparatus for analyzing polynucleotide sequences
US20040185462A1 (en) * 1999-08-06 2004-09-23 Tum Gene, Inc. Method of and detecting apparatus and detecting chip for single base substitution SNP and point mutation of genes
US6696022B1 (en) * 1999-08-13 2004-02-24 U.S. Genomics, Inc. Methods and apparatuses for stretching polymers
US6495104B1 (en) * 1999-08-19 2002-12-17 Caliper Technologies Corp. Indicator components for microfluidic systems
EP1080785A1 (en) * 1999-09-04 2001-03-07 F. Hoffmann-La Roche Ag System for thermocycling of fluids in cartridges
US20030232388A1 (en) * 1999-09-27 2003-12-18 Kreimer David I. Beads having identifiable Raman markers
US20020132371A1 (en) * 1999-09-27 2002-09-19 Kreimer David I. Amplification of analyte detection by substrates having particle structures with receptors
US20040023293A1 (en) * 1999-09-27 2004-02-05 Kreimer David I. Biochips for characterizing biological processes
US6916614B1 (en) 1999-10-20 2005-07-12 Tum Gene, Inc. Gene detecting chip, detector, and detecting method
US6824664B1 (en) 1999-11-04 2004-11-30 Princeton University Electrode-less dielectrophorises for polarizable particles
US6605453B2 (en) * 1999-12-01 2003-08-12 The Regents Of The University Of California Electric-field-assisted fluidic assembly of inorganic and organic materials, molecules and like small things including living cells
CA2364381C (en) * 1999-12-22 2009-03-10 Gene Logic, Inc. Flow-thru chip cartridge, chip holder, system and method thereof
US6824669B1 (en) 2000-02-17 2004-11-30 Motorola, Inc. Protein and peptide sensors using electrical detection methods
US6537433B1 (en) * 2000-03-10 2003-03-25 Applera Corporation Methods and apparatus for the location and concentration of polar analytes using an alternating electric field
US6602400B1 (en) 2000-06-15 2003-08-05 Motorola, Inc. Method for enhanced bio-conjugation events
ATE322986T1 (de) * 2000-06-15 2006-04-15 Seiko Epson Corp Verfahren zur flüssigkeitszufuhr, flüssigkeitsbehälter und verfahren zu seiner herstellung
US6632400B1 (en) * 2000-06-22 2003-10-14 Agilent Technologies, Inc. Integrated microfluidic and electronic components
WO2002009483A1 (en) * 2000-07-26 2002-01-31 The Regents Of The University Of California Manipulation of live cells and inorganic objects with optical micro beam arrays
US7270730B2 (en) * 2000-08-04 2007-09-18 Essen Instruments, Inc. High-throughput electrophysiological measurement system
AU2000274922A1 (en) * 2000-08-08 2002-02-18 Aviva Biosciences Corporation Methods for manipulating moieties in microfluidic systems
CN100495030C (zh) 2000-09-30 2009-06-03 清华大学 多力操纵装置及其应用
EP1328342A4 (en) * 2000-10-10 2006-03-15 Aviva Biosciences Corp INTEGRATED BIOCHIP SYSTEM FOR SAMPLE PREPARATION AND ANALYSIS
US6936811B2 (en) * 2000-11-13 2005-08-30 Genoptix, Inc. Method for separating micro-particles
US20020160470A1 (en) * 2000-11-13 2002-10-31 Genoptix Methods and apparatus for generating and utilizing linear moving optical gradients
US6744038B2 (en) 2000-11-13 2004-06-01 Genoptix, Inc. Methods of separating particles using an optical gradient
US6833542B2 (en) * 2000-11-13 2004-12-21 Genoptix, Inc. Method for sorting particles
US6784420B2 (en) * 2000-11-13 2004-08-31 Genoptix, Inc. Method of separating particles using an optical gradient
US20030007894A1 (en) 2001-04-27 2003-01-09 Genoptix Methods and apparatus for use of optical forces for identification, characterization and/or sorting of particles
US20020123112A1 (en) * 2000-11-13 2002-09-05 Genoptix Methods for increasing detection sensitivity in optical dielectric sorting systems
US6778724B2 (en) 2000-11-28 2004-08-17 The Regents Of The University Of California Optical switching and sorting of biological samples and microparticles transported in a micro-fluidic device, including integrated bio-chip devices
AU2002230979A1 (en) * 2000-12-18 2002-07-01 Trustees Of Princeton University Fractionation of macro-molecules using asymmetric pulsed field electrophoresis
ATE337093T1 (de) * 2000-12-28 2006-09-15 Hoffmann La Roche Verfahren, system und patrone zur verarbeitung einer nukleinsäure-probe durch oszillation der patrone
US6707548B2 (en) 2001-02-08 2004-03-16 Array Bioscience Corporation Systems and methods for filter based spectrographic analysis
US6626417B2 (en) 2001-02-23 2003-09-30 Becton, Dickinson And Company Microfluidic valve and microactuator for a microvalve
JP2004523243A (ja) * 2001-03-12 2004-08-05 カリフォルニア インスティチュート オブ テクノロジー 非同期性塩基伸長によってポリヌクレオチド配列を分析するための方法および装置
WO2002074899A1 (en) * 2001-03-15 2002-09-26 Array Bioscience Corporation Enhancing surfaces for analyte detection
WO2002075276A2 (en) * 2001-03-15 2002-09-26 The Regents Of The University Of California Positioning of organic and inorganic objects by electrophoretic forces including for microlens alignment
CN100494360C (zh) * 2001-03-22 2009-06-03 博奥生物有限公司 细胞分离方法及其应用
CA2441366A1 (en) 2001-03-24 2002-10-03 Aviva Biosciences Corporation Biochips including ion transport detecting structures and methods of use
US20030153024A1 (en) * 2001-04-19 2003-08-14 Sullivan Brian M Charged bio-molecule/binding agent conjugate for biological capture
US20030194755A1 (en) * 2001-04-27 2003-10-16 Genoptix, Inc. Early detection of apoptotic events and apoptosis using optophoretic analysis
US20040009540A1 (en) * 2001-04-27 2004-01-15 Genoptix, Inc Detection and evaluation of cancer cells using optophoretic analysis
ATE367205T1 (de) * 2001-05-02 2007-08-15 Applera Corp Konzentration und reinigung von analyten mit elektrischen feldern
ITTO20010411A1 (it) * 2001-05-02 2002-11-02 Silicon Biosystems S R L Metodo e dispositivo per l'esecuzione di test e saggi ad alta processivita' ed alto valore biologico su cellule e/o composti.
DE10122659A1 (de) * 2001-05-10 2002-12-05 Infineon Technologies Ag Biochip-Anordnung
US7419574B2 (en) * 2001-06-20 2008-09-02 Cummings Eric B Dielectrophoresis device and method having non-uniform arrays for manipulating particles
US7014747B2 (en) * 2001-06-20 2006-03-21 Sandia Corporation Dielectrophoretic systems without embedded electrodes
ATE481497T1 (de) * 2001-08-01 2010-10-15 Univ Utah Am n-terminus trunkierte isoformen von zyklischen phosphodiesterasen pde3a
US6890409B2 (en) * 2001-08-24 2005-05-10 Applera Corporation Bubble-free and pressure-generating electrodes for electrophoretic and electroosmotic devices
US8980568B2 (en) 2001-10-11 2015-03-17 Aviva Biosciences Corporation Methods and compositions for detecting non-hematopoietic cells from a blood sample
US8986944B2 (en) * 2001-10-11 2015-03-24 Aviva Biosciences Corporation Methods and compositions for separating rare cells from fluid samples
US6783647B2 (en) * 2001-10-19 2004-08-31 Ut-Battelle, Llc Microfluidic systems and methods of transport and lysis of cells and analysis of cell lysate
WO2003035228A1 (en) * 2001-10-19 2003-05-01 Trustees Of Princeton University Method and apparatus for generating electric fields and flow distributions for rapidly separating molecules
FR2831084B1 (fr) * 2001-10-22 2004-08-27 Centre Nat Rech Scient Procede et systeme pour manipuler par dielectrophorese des particules dielectriques, en particulier des cellules biologiques
US20030175947A1 (en) * 2001-11-05 2003-09-18 Liu Robin Hui Enhanced mixing in microfluidic devices
US6866762B2 (en) * 2001-12-20 2005-03-15 Board Of Regents, University Of Texas System Dielectric gate and methods for fluid injection and control
AU2003217167A1 (en) * 2002-01-04 2003-07-30 Board Of Regents, The University Of Texas System Wall-less channels for fluidic routing and confinement
DE10321490B3 (de) * 2002-02-05 2004-10-14 Infineon Technologies Ag Schaltkreis-Anordnung, elektrochemischer Sensor, Sensor-Anordnung und Verfahren zum Verarbeiten eines über eine Sensor-Elektrode bereitgestellten Stromsignals
DE10204652B4 (de) * 2002-02-05 2004-07-22 Infineon Technologies Ag Schaltkreis-Anordnung, elektrochemischer Sensor, Sensor-Anordnung und Verfahren zum Verarbeiten eines über eine Sensor-Elektrode bereitgestellten Stromsignals
US6887362B2 (en) * 2002-02-06 2005-05-03 Nanogen, Inc. Dielectrophoretic separation and immunoassay methods on active electronic matrix devices
US20030148362A1 (en) * 2002-02-07 2003-08-07 Eastern Virginia Medical School Of The Medical College Of Hampton Roads Diagnostic microarray and method of use thereof
GB0205455D0 (en) 2002-03-07 2002-04-24 Molecular Sensing Plc Nucleic acid probes, their synthesis and use
US20050100938A1 (en) * 2002-03-14 2005-05-12 Infineon Technologies Ag Vertical impedance sensor arrangement and method for producing a vertical impedance sensor arrangement
US20030211461A1 (en) * 2002-05-01 2003-11-13 Genoptix, Inc Optophoretic detection of durgs exhibiting inhibitory effect on Bcr-Abl positive tumor cells
US20040033539A1 (en) * 2002-05-01 2004-02-19 Genoptix, Inc Method of using optical interrogation to determine a biological property of a cell or population of cells
US20040011650A1 (en) * 2002-07-22 2004-01-22 Frederic Zenhausern Method and apparatus for manipulating polarizable analytes via dielectrophoresis
US7601493B2 (en) * 2002-07-26 2009-10-13 Nanogen, Inc. Methods and apparatus for screening and detecting multiple genetic mutations
GB0218009D0 (en) * 2002-08-02 2002-09-11 Imp College Innovations Ltd DNA extraction microchip, system and method
US20040053209A1 (en) * 2002-09-12 2004-03-18 Genoptix, Inc Detection and evaluation of topoisomerase inhibitors using optophoretic analysis
CA2498518A1 (en) 2002-09-13 2004-03-25 Valentis, Inc. Apparatus and method for preparative scale purification of nucleic acids
AU2003267255A1 (en) * 2002-09-20 2004-04-08 Novus Molecular, Inc. Methods and devices for active bioassay
US7329545B2 (en) 2002-09-24 2008-02-12 Duke University Methods for sampling a liquid flow
US6911132B2 (en) 2002-09-24 2005-06-28 Duke University Apparatus for manipulating droplets by electrowetting-based techniques
JP2006501449A (ja) 2002-09-27 2006-01-12 ザ ジェネラル ホスピタル コーポレーション 細胞分離のためのマイクロ流体デバイスおよびその使用
US20040067167A1 (en) * 2002-10-08 2004-04-08 Genoptix, Inc. Methods and apparatus for optophoretic diagnosis of cells and particles
CN1429917A (zh) * 2002-10-11 2003-07-16 薛永新 艾滋病毒原位核酸芯片及其制备方法
US7932098B2 (en) * 2002-10-31 2011-04-26 Hewlett-Packard Development Company, L.P. Microfluidic system utilizing thin-film layers to route fluid
US20040086872A1 (en) * 2002-10-31 2004-05-06 Childers Winthrop D. Microfluidic system for analysis of nucleic acids
US20040121307A1 (en) * 2002-12-19 2004-06-24 Genoptix, Inc Early detection of cellular differentiation using optophoresis
US20040121474A1 (en) * 2002-12-19 2004-06-24 Genoptix, Inc Detection and evaluation of chemically-mediated and ligand-mediated t-cell activation using optophoretic analysis
US7413891B2 (en) * 2003-04-30 2008-08-19 Biovitesse, Inc. Apparatus and method for detecting live cells with an integrated filter and growth detection device
US20050009066A1 (en) * 2003-05-15 2005-01-13 Connolly Dennis M. Methods for localizing target molecules in a flowing fluid sample
WO2005022147A1 (en) * 2003-08-28 2005-03-10 Celula, Inc. Methods and apparatus for sorting cells using an optical switch in a microfluidic channel network
US7347923B2 (en) * 2003-10-03 2008-03-25 Sandia Corporation Dielectrophoresis device and method having insulating ridges for manipulating particles
US20050287668A1 (en) * 2003-11-04 2005-12-29 Cell Therapeutics, Inc. (Cti) RNA interference compositions and screening methods for the identification of novel genes and biological pathways
US7169560B2 (en) 2003-11-12 2007-01-30 Helicos Biosciences Corporation Short cycle methods for sequencing polynucleotides
US8529744B2 (en) 2004-02-02 2013-09-10 Boreal Genomics Corp. Enrichment of nucleic acid targets
US10337054B2 (en) 2004-02-02 2019-07-02 Quantum-Si Incorporated Enrichment of nucleic acid targets
EP1720636A4 (en) 2004-02-02 2012-06-20 Univ British Columbia SCODAPHORESIS, METHODS AND APPARATUS FOR DISPLACING AND CONCENTRATING PARTICLES
WO2005080605A2 (en) 2004-02-19 2005-09-01 Helicos Biosciences Corporation Methods and kits for analyzing polynucleotide sequences
DK1730276T3 (da) 2004-02-26 2010-09-20 Delta Dansk Elektronik Lys Og Fremgangsmåde, chip, indretning og system til ekstraktion af biologiske materialer
US7892794B2 (en) 2004-02-26 2011-02-22 Delta, Dansk Elektronik, Lys & Akustik Method, chip, device and integrated system for detection biological particles
US7932024B2 (en) 2004-02-26 2011-04-26 Delta, Dansk Elektronik, Lys & Akustik Method, chip, device and system for collection of biological particles
US7187286B2 (en) 2004-03-19 2007-03-06 Applera Corporation Methods and systems for using RFID in biological field
US8974652B2 (en) * 2004-05-28 2015-03-10 Board Of Regents, The University Of Texas System Programmable fluidic processors
FR2871070B1 (fr) * 2004-06-02 2007-02-16 Commissariat Energie Atomique Microdispositif et procede de separation d'emulsion
WO2006017274A2 (en) * 2004-07-13 2006-02-16 U.S. Genomics, Inc. Systems and methods for sample modification using fluidic chambers
KR100594408B1 (ko) 2004-12-17 2006-06-30 한국과학기술연구원 초음파장 및 진행파 유전영동을 이용한 세포 분리 장치
KR100738071B1 (ko) * 2005-01-21 2007-07-12 삼성전자주식회사 농도구배발생부가 구비된 유전영동 장치, 그를 이용한물질의 분리방법 및 물질 분리의 최적 조건을 탐색하는 방법
JP5897780B2 (ja) 2005-01-28 2016-03-30 デューク ユニバーシティ プリント回路基板上の液滴操作装置及び方法
CA2496294A1 (en) * 2005-02-07 2006-08-07 The University Of British Columbia Apparatus and methods for concentrating and separating particles such as molecules
JP2006242926A (ja) 2005-03-07 2006-09-14 Seiko Epson Corp 電極基板、該基板を備える検出装置および該装置を含むキット、並びに該キットを用いた検出方法
JP2006242925A (ja) 2005-03-07 2006-09-14 Seiko Epson Corp 電極基板、該基板を備える検出装置および該装置を含むキット、並びに該キットを用いた検出方法
US20070196820A1 (en) 2005-04-05 2007-08-23 Ravi Kapur Devices and methods for enrichment and alteration of cells and other particles
US7666593B2 (en) 2005-08-26 2010-02-23 Helicos Biosciences Corporation Single molecule sequencing of captured nucleic acids
EP1764418B1 (en) * 2005-09-14 2012-08-22 STMicroelectronics Srl Method and device for the treatment of biological samples using dielectrophoresis
WO2007149111A2 (en) * 2005-10-06 2007-12-27 Massachusetts Institute Of Technology Continuous biomolecule separation in a nanofilter
US20070141605A1 (en) * 2005-11-21 2007-06-21 Applera Corporation Portable preparation, analysis, and detection apparatus for nucleic acid processing
KR101157175B1 (ko) * 2005-12-14 2012-07-03 삼성전자주식회사 세포 또는 바이러스의 농축 및 용해용 미세유동장치 및방법
JP4748451B2 (ja) * 2006-02-08 2011-08-17 凸版印刷株式会社 ハイブリダイゼーションの検出方法
US20080003655A1 (en) * 2006-04-14 2008-01-03 University Of South Florida Microbial Cell and Particle Control
JP4813244B2 (ja) * 2006-04-25 2011-11-09 シャープ株式会社 サンプル分離吸着器具
EP2589668A1 (en) 2006-06-14 2013-05-08 Verinata Health, Inc Rare cell analysis using sample splitting and DNA tags
US20080050739A1 (en) 2006-06-14 2008-02-28 Roland Stoughton Diagnosis of fetal abnormalities using polymorphisms including short tandem repeats
CA2657621A1 (en) * 2006-07-14 2008-01-17 Aviva Biosciences Corporation Methods and compositions for detecting rare cells from a biological sample
US8999636B2 (en) * 2007-01-08 2015-04-07 Toxic Report Llc Reaction chamber
EP2130913A4 (en) * 2007-03-05 2010-09-01 On Chip Cellomics Consortium CHIP FOR CELL COMPONENT SAMPLING, CELL COMPONENT ANALYSIS SYSTEM AND CELL COMPONENT ANALYSIS METHOD USING THEREOF
US20100294665A1 (en) * 2007-07-12 2010-11-25 Richard Allen Method and system for transferring and/or concentrating a sample
WO2009012112A1 (en) 2007-07-13 2009-01-22 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Method and apparatus using electric field for improved biological assays
GB0714866D0 (en) * 2007-07-31 2007-09-12 Univ Leeds Biosensor
US8268246B2 (en) * 2007-08-09 2012-09-18 Advanced Liquid Logic Inc PCB droplet actuator fabrication
US8308926B2 (en) 2007-08-20 2012-11-13 Purdue Research Foundation Microfluidic pumping based on dielectrophoresis
AU2008328588B2 (en) 2007-11-26 2013-09-05 Agplus Diagnostics Limited Electrochemical detection of a metal - labelled analyte
GB0812679D0 (en) 2008-07-10 2008-08-20 Sec Dep For Innovation Universities Sample carrier for effecting chemical assays
WO2009094772A1 (en) * 2008-02-01 2009-08-06 The University Of British Columbia Methods and apparatus for particle introduction and recovery
GB0804491D0 (en) * 2008-03-11 2008-04-16 Iti Scotland Ltd Detecting analytes
WO2009146143A2 (en) * 2008-04-03 2009-12-03 The Regents Of The University Of California Ex-vivo multi-dimensional system for the separation and isolation of cells, vesicles, nanoparticles and biomarkers
CN103900894A (zh) 2008-06-06 2014-07-02 华盛顿大学 用于从溶液浓缩颗粒的方法和系统
GB0812681D0 (en) * 2008-07-10 2008-08-20 Sec Dep For Innovation Universities Apparatus and methods for effecting chemical assays
US8361716B2 (en) * 2008-10-03 2013-01-29 Pathogenetix, Inc. Focusing chamber
US8940092B1 (en) 2008-10-27 2015-01-27 University Of Washington Through Its Center For Commercialization Hybrid fibers, devices using hybrid fibers, and methods for making hybrid fibers
US10895575B2 (en) * 2008-11-04 2021-01-19 Menarini Silicon Biosystems S.P.A. Method for identification, selection and analysis of tumour cells
KR101023040B1 (ko) 2008-11-13 2011-03-24 한국항공대학교산학협력단 고속 입자분리 장치 및 그 방법
US9134221B2 (en) 2009-03-10 2015-09-15 The Regents Of The University Of California Fluidic flow cytometry devices and particle sensing based on signal-encoding
US8877028B2 (en) 2009-04-21 2014-11-04 The University Of British Columbia System and methods for detection of particles
WO2011014946A1 (en) * 2009-08-02 2011-02-10 Samad Talebpour Cell concentration, capture and lysis devices and methods of use thereof
KR101885936B1 (ko) 2010-10-21 2018-09-10 더 리젠츠 오브 더 유니버시티 오브 캘리포니아 무선 전력이 공급되는 전자 회로를 포함하는 미세 유체
WO2012065075A2 (en) * 2010-11-12 2012-05-18 The Regents Of The University Of California Electrokinetic devices and methods for high conductance and high voltage dielectrophoresis (dep)
US20120219987A1 (en) * 2010-12-13 2012-08-30 Tofy Mussivand Device for electroporation and lysis
CA2742327A1 (en) 2011-05-20 2012-11-20 The University Of British Columiba Systems and methods for enhanced scoda
CA2842720C (en) 2011-07-25 2023-10-10 Qvella Corporation Methods and devices for electrical sample preparation
US9120105B2 (en) 2011-10-31 2015-09-01 Monika Weber Electronic device for pathogen detection
US11198126B2 (en) 2011-10-31 2021-12-14 Fluid-Screen, Inc. Apparatus for pathogen detection
WO2013104994A2 (en) 2012-01-13 2013-07-18 The University Of British Columbia Multiple arm apparatus and methods for separation of particles
FR2986802A1 (fr) * 2012-02-13 2013-08-16 Centre Nat Rech Scient Dispositif et procede de manipulation et traitement de cellules par champ electrique.
MX356508B (es) 2012-04-16 2018-05-30 Biological dynamics inc Preparacion de muestras de acido nucleico.
US8932815B2 (en) 2012-04-16 2015-01-13 Biological Dynamics, Inc. Nucleic acid sample preparation
US8685708B2 (en) 2012-04-18 2014-04-01 Pathogenetix, Inc. Device for preparing a sample
US9028776B2 (en) 2012-04-18 2015-05-12 Toxic Report Llc Device for stretching a polymer in a fluid sample
EP2844773B1 (en) 2012-05-04 2017-08-16 Boreal Genomics Corp. Biomarker analysis using scodaphoresis
GB201217390D0 (en) 2012-09-28 2012-11-14 Agplus Diagnostics Ltd Test device and sample carrier
JP6396911B2 (ja) 2012-10-15 2018-09-26 ナノセレクト バイオメディカル, インコーポレイテッド 粒子を選別するためのシステム、装置、および、方法
US10662420B2 (en) 2012-11-30 2020-05-26 Qvella Corporation Apparatus and method for extracting microbial cells
US8975060B2 (en) * 2012-11-30 2015-03-10 Qvella Corporation Method for pretreatment of microbial samples
US9340835B2 (en) 2013-03-15 2016-05-17 Boreal Genomics Corp. Method for separating homoduplexed and heteroduplexed nucleic acids
CA2945146A1 (en) 2014-04-08 2015-10-15 Biological Dynamics, Inc. Improved devices for separation of biological materials
PT3594360T (pt) 2014-04-24 2021-08-19 Lucira Health Inc Deteção colorimétrica da amplificação do ácido nucleico
US11130986B2 (en) 2015-05-20 2021-09-28 Quantum-Si Incorporated Method for isolating target nucleic acid using heteroduplex binding proteins
CN104897888A (zh) * 2015-05-27 2015-09-09 合肥卓元科技服务有限公司 一种分隔式酶反应传感器系统
CN106310944B (zh) * 2015-07-01 2022-10-11 王冰 用于分离介质内颗粒和小液滴的介电电泳电极及电极阵列
JP6796932B2 (ja) * 2016-02-16 2020-12-09 株式会社Afiテクノロジー 分離装置
JP2019509740A (ja) 2016-03-14 2019-04-11 ディアスセス インコーポレイテッド 選択的に通気される生物学的アッセイ装置および関連の方法
EP3433613A4 (en) 2016-03-24 2020-05-13 Biological Dynamics, Inc. DISPOSABLE FLUID CARTRIDGE AND COMPONENTS
CA3020841A1 (en) 2016-04-15 2017-10-19 Fluid-Screen, Inc. Analyte detection methods and apparatus using dielectrophoresis and electroosmosis
US10696939B2 (en) * 2016-04-22 2020-06-30 Hewlett-Packard Development Company, L.P. Cell lysis
US11067535B2 (en) * 2016-10-27 2021-07-20 Sharp Kabushiki Kaisha Fluorescent testing system, dielectrophoresis device, and molecular testing method
US11080848B2 (en) 2017-04-06 2021-08-03 Lucira Health, Inc. Image-based disease diagnostics using a mobile device
IL270445B1 (en) 2017-05-08 2024-02-01 Biological dynamics inc Methods and systems for processing information on tested material
US10549275B2 (en) 2017-09-14 2020-02-04 Lucira Health, Inc. Multiplexed biological assay device with electronic readout
CN112041067A (zh) 2017-12-19 2020-12-04 生物动力学公司 用于从生物样品中检测多种分析物的方法和装置
KR20200115579A (ko) 2018-01-30 2020-10-07 라이프 테크놀로지스 코포레이션 스마트 분자 분석 시스템의 워크플로우에서 사용하기 위한 기기, 장치 및 소모품
EP3774059A4 (en) 2018-04-02 2022-01-05 Biological Dynamics, Inc. DIELECTRIC MATERIALS
USD907232S1 (en) 2018-12-21 2021-01-05 Lucira Health, Inc. Medical testing device
EP3934810A4 (en) * 2019-03-05 2022-12-07 Lucira Health, Inc. BUBBLE-FREE FILLING OF FLUID CHAMBERS
CA3161454A1 (en) 2019-11-13 2021-05-20 Fluid-Screen, Inc. Methods and apparatus for detection of bacteria in a sample using dielectrophoresis
WO2021097035A1 (en) 2019-11-13 2021-05-20 Fluid-Screen, Inc. An apparatus and methods to rapidly detect, separate, purify, and quantify various viruses from cells, cultured medium and other fluids
US11542541B2 (en) 2019-11-26 2023-01-03 Bio-Rad Laboratories, Inc. Method and system for sampling material from cells
USD953561S1 (en) 2020-05-05 2022-05-31 Lucira Health, Inc. Diagnostic device with LED display
CN111644212B (zh) * 2020-05-22 2022-05-24 华东理工大学 一种微流控芯片和纳米颗粒分离装置
USD962470S1 (en) 2020-06-03 2022-08-30 Lucira Health, Inc. Assay device with LCD display
US20220042944A1 (en) * 2020-07-24 2022-02-10 Palogen, Inc. Nanochannel systems and methods for detecting pathogens using same

Family Cites Families (82)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3346479A (en) * 1964-04-09 1967-10-10 Scientific Industries Preparative separation by a combination of gel separation and electrophoresis
US3375187A (en) * 1965-05-13 1968-03-26 Buchler Instr Inc Apparatus for temperature controlled preparative and analytical electrophoresis
US3533933A (en) * 1967-03-31 1970-10-13 Hannig Kurt Process and device for the isolation of fractions of a substance mixture electrophoretically separated in a carrier gel
US3539493A (en) * 1967-08-31 1970-11-10 Canal Ind Corp Apparatus for preparative electrophoresis on gel support media
US3627137A (en) 1968-10-10 1971-12-14 Milan Bier Dialyzing membrane envelope
DE1807481C3 (de) * 1968-11-07 1975-10-09 Messerschmitt-Boelkow-Blohm Gmbh, 8000 Muenchen Verfahren zum partiellen Galvanisieren
US3616454A (en) * 1969-03-13 1971-10-26 Univ New York Method of and apparatus for electrophoretic separation in a gel column
US3640813A (en) * 1969-06-09 1972-02-08 Samuel T Nerenberg Adapter for a macromolecule separation device
DE2051715B2 (de) 1970-10-21 1976-01-15 Trennkammer fuer die kontinuierliche ablenkungselektrophorese
JPS4821679U (zh) 1971-07-16 1973-03-12
NL7115364A (zh) * 1971-11-08 1973-05-10
DE2221242C3 (de) * 1972-04-29 1974-09-26 Stephan 8520 Erlangen Nees Gerät für die präparat!ve Elektrophorese und Verfahren zu deren Durchführung mit diesem Gerät
SU434985A1 (ru) 1972-06-07 1974-07-05 Устройство для препаративного разделения высокомолекулярных биологических веществ
GB1359944A (en) 1972-07-18 1974-07-17 Miles Lab Apparatus for gel electrophoresis
US3795600A (en) * 1973-03-23 1974-03-05 Instrumentation Specialties Co Electrophoresis and method apparatus
US3980546A (en) * 1975-06-27 1976-09-14 Caccavo Francis A Micropreparative electrophoresis apparatus
NL182822C (nl) * 1976-05-18 1988-05-16 Roskam Willem Gerrit Preparatief elektroforese-apparaat.
SU616568A1 (ru) 1977-01-24 1978-07-25 Специальное Конструкторское Бюро Биофизической Аппаратуры Устройство дл электрофоретического разделени веществ
US4326934A (en) 1979-12-31 1982-04-27 Pohl Herbert A Continuous dielectrophoretic cell classification method
US4390403A (en) * 1981-07-24 1983-06-28 Batchelder J Samuel Method and apparatus for dielectrophoretic manipulation of chemical species
JPS58147639A (ja) 1982-02-26 1983-09-02 Hideyuki Nishizawa 連続電気泳動分離法および装置
DE3374082D1 (en) * 1982-07-23 1987-11-19 Matthias Hediger Apparatus for preparative gel electrophoresis, in particular for separating mixtures on a gradient gel polyacryl amide column
US4441972A (en) * 1983-04-08 1984-04-10 D.E.P. Systems, Inc. Apparatus for electrofusion of biological particles
US4661451A (en) * 1984-02-06 1987-04-28 Ortho Diagnostic Systems, Inc. Methods for immobilizing and translocating biological cells
EP0155833A3 (en) 1984-03-15 1988-07-27 Fuji Photo Film Co., Ltd. Element for electrophoresis
FR2574311B1 (fr) 1984-12-11 1989-09-15 Inst Nat Sante Rech Med Perfectionnements aux procedes et appareils d'electrophorese preparative
US4617102A (en) 1985-03-21 1986-10-14 Lifecodes Corp. Process and apparatus for purifying and concentrating DNA from crude mixtures containing DNA
US4740283A (en) * 1986-02-27 1988-04-26 University Patents, Inc. Pulsed-field gradient gel electrophoretic apparatus
US4699706A (en) * 1986-05-30 1987-10-13 Bio-Rad Laboratories, Inc. Method and apparatus for extraction of species from electrophoresis media
US5593580A (en) 1986-11-26 1997-01-14 Kopf; Henry B. Filtration cassette article, and filter comprising same
EP0287513B1 (en) * 1987-04-11 1992-12-02 Ciba-Geigy Ag An isoelectric focusing process and a means for carrying out said process
US4787963A (en) * 1987-05-04 1988-11-29 Syntro Corporation Method and means for annealing complementary nucleic acid molecules at an accelerated rate
US4936963A (en) 1987-05-27 1990-06-26 Abbott Laboratories Polycationic buffers and method for gel electrophoresis of nucleic acids
US5202010A (en) 1987-11-25 1993-04-13 Princeton Biochemicals, Inc. Automated capillary electrophoresis apparatus
US6054270A (en) 1988-05-03 2000-04-25 Oxford Gene Technology Limited Analying polynucleotide sequences
US4908112A (en) * 1988-06-16 1990-03-13 E. I. Du Pont De Nemours & Co. Silicon semiconductor wafer for analyzing micronic biological samples
US5188963A (en) * 1989-11-17 1993-02-23 Gene Tec Corporation Device for processing biological specimens for analysis of nucleic acids
US5382511A (en) * 1988-08-02 1995-01-17 Gene Tec Corporation Method for studying nucleic acids within immobilized specimens
US4877510A (en) * 1988-10-25 1989-10-31 Bio-Rad Laboratories, Inc. Apparatus for preparative gel electrophoresis
US5062942A (en) * 1989-04-12 1991-11-05 Hitachi, Ltd. Fluorescence detection type electrophoresis apparatus
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
US5344535A (en) * 1989-11-27 1994-09-06 British Technology Group Limited Dielectrophoretic characterization of micro-organisms and other particles
US5795457A (en) * 1990-01-30 1998-08-18 British Technology Group Ltd. Manipulation of solid, semi-solid or liquid materials
US5126022A (en) * 1990-02-28 1992-06-30 Soane Tecnologies, Inc. Method and device for moving molecules by the application of a plurality of electrical fields
US5085756A (en) * 1990-08-21 1992-02-04 Hewlett-Packard Company Column separation system for electrophoresis with sample pretreatment
US5527670A (en) 1990-09-12 1996-06-18 Scientific Generics Limited Electrochemical denaturation of double-stranded nucleic acid
US5269931A (en) * 1990-09-17 1993-12-14 Gelman Sciences Inc. Cationic charge modified microporous membranes
US5151189A (en) * 1990-09-17 1992-09-29 Gelman Sciences, Inc. Cationic charge modified microporous membrane
US5340449A (en) * 1990-12-07 1994-08-23 Shukla Ashok K Apparatus for electroelution
JP3104995B2 (ja) * 1991-01-31 2000-10-30 ワーナー−ランバート・コンパニー 抗炎症剤として有用な4,6−ジ−第三ブチル−5−ヒドロキシ−1,3−ピリミジンの置換されたヘテロアリール類似体
US5217593A (en) * 1991-03-13 1993-06-08 Macconnell William P Nucleic acid purification system and method
US5139637A (en) * 1991-03-13 1992-08-18 Macconnell William P Plasmid purification system and method
US5078853A (en) 1991-03-22 1992-01-07 Assay Technology, Inc. Segmented electrophoretic separation system useful for lipid profiling
US5209831A (en) * 1991-06-14 1993-05-11 Macconnell William P Bufferless electrophoresis system and method
US5161165A (en) * 1991-09-26 1992-11-03 Hewlett-Packard Company Multimode stabilized external cavity laser
US6048690A (en) 1991-11-07 2000-04-11 Nanogen, Inc. Methods for electronic fluorescent perturbation for analysis and electronic perturbation catalysis for synthesis
US5605662A (en) * 1993-11-01 1997-02-25 Nanogen, Inc. Active programmable electronic devices for molecular biological analysis and diagnostics
US5849486A (en) 1993-11-01 1998-12-15 Nanogen, Inc. Methods for hybridization analysis utilizing electrically controlled hybridization
US6051380A (en) 1993-11-01 2000-04-18 Nanogen, Inc. Methods and procedures for molecular biological analysis and diagnostics
US6017696A (en) 1993-11-01 2000-01-25 Nanogen, Inc. Methods for electronic stringency control for molecular biological analysis and diagnostics
US5632957A (en) * 1993-11-01 1997-05-27 Nanogen Molecular biological diagnostic systems including electrodes
US5846708A (en) 1991-11-19 1998-12-08 Massachusetts Institiute Of Technology Optical and electrical methods and apparatus for molecule detection
DE59108591D1 (de) 1991-12-06 1997-04-10 Ciba Geigy Ag Elektrophoretische Trennvorrichtung und elektrophoretisches Trennverfahren
JPH05236997A (ja) * 1992-02-28 1993-09-17 Hitachi Ltd ポリヌクレオチド捕捉用チップ
GB9208357D0 (en) * 1992-04-16 1992-06-03 British Tech Group Apparatus for separating a mixture
US5340499A (en) 1992-08-11 1994-08-23 Neste Oy Electrically conductive compositions and methods for their preparation
US5376249A (en) * 1992-11-25 1994-12-27 Perseptive Biosystems, Inc. Analysis utilizing isoelectric focusing
GB9301122D0 (en) * 1993-01-21 1993-03-10 Scient Generics Ltd Method of analysis/separation
GB9306729D0 (en) * 1993-03-31 1993-05-26 British Tech Group Improvements in separators
US5427664A (en) 1993-07-22 1995-06-27 Stoev; Stoyan V. Free solution electrophoresis-membrane filters trapping assay apparatus and method
US6726880B1 (en) 1993-11-01 2004-04-27 Nanogen, Inc. Electronic device for performing active biological operations and method of using same
US6254827B1 (en) 1993-11-01 2001-07-03 Nanogen, Inc. Methods for fabricating multi-component devices for molecular biological analysis and diagnostics
US6309601B1 (en) 1993-11-01 2001-10-30 Nanogen, Inc. Scanning optical detection system
US6099803A (en) 1994-07-07 2000-08-08 Nanogen, Inc. Advanced active electronic devices for molecular biological analysis and diagnostics
DE4400955C2 (de) * 1993-12-23 1999-04-01 Fraunhofer Ges Forschung Adhäsionssteuerbare Oberflächenstruktur
US6071394A (en) 1996-09-06 2000-06-06 Nanogen, Inc. Channel-less separation of bioparticles on a bioelectronic chip by dielectrophoresis
US5728267A (en) 1994-11-15 1998-03-17 Flaherty; James E. Concentrator for separating small samples in a centrifuge
EP0846161B1 (en) * 1995-08-25 2005-08-17 Affymetrix, Inc. (a Delaware Corporation) Release of intracellular material
US5858192A (en) * 1996-10-18 1999-01-12 Board Of Regents, The University Of Texas System Method and apparatus for manipulation using spiral electrodes
CA2381750A1 (en) 1999-08-13 2001-02-22 Nanogen, Inc. Microelectronic molecular descriptor array devices, methods, procedures, and formats for combinatorial selection of intermolecular ligand binding structures and for drug screening
US6960298B2 (en) 2001-12-10 2005-11-01 Nanogen, Inc. Mesoporous permeation layers for use on active electronic matrix devices
US20040011650A1 (en) 2002-07-22 2004-01-22 Frederic Zenhausern Method and apparatus for manipulating polarizable analytes via dielectrophoresis

Cited By (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101111762B (zh) * 2004-11-26 2011-01-12 鲁杰罗马西莫电气合股公司 通过双向电泳同时分离生物分子的方法和仪器
CN101231262B (zh) * 2008-02-22 2011-09-14 东南大学 用于单细胞组学的方法
CN103627788A (zh) * 2013-08-21 2014-03-12 中山大学达安基因股份有限公司 一种电化学基因传感器生物芯片的制备方法
CN103894248A (zh) * 2014-04-09 2014-07-02 国家纳米科学中心 一种单细胞分析用微流控芯片和系统及单细胞分析方法
CN107615041A (zh) * 2015-10-07 2018-01-19 Afi技术公司 检查装置、检查系统以及检查方法
CN111936862A (zh) * 2019-03-11 2020-11-13 京东方科技集团股份有限公司 微流道及其制备方法和操作方法
CN111250183A (zh) * 2020-02-17 2020-06-09 北京中科生仪科技有限公司 一种微流控系统用注液泵驱动装置
CN112986556A (zh) * 2021-05-12 2021-06-18 佛山微奥云生物技术有限公司 一种用于快速检测的芯片及其加工方法
CN112986556B (zh) * 2021-05-12 2022-02-18 佛山微奥云生物技术有限公司 一种用于快速检测的芯片及其加工方法

Also Published As

Publication number Publication date
CA2319705A1 (en) 1999-08-05
ATE246040T1 (de) 2003-08-15
NZ505858A (en) 2002-09-27
JP2002502047A (ja) 2002-01-22
EP1053055B1 (en) 2003-07-30
US6071394A (en) 2000-06-06
WO1999038612A1 (en) 1999-08-05
CA2319705C (en) 2008-07-15
AU2344599A (en) 1999-08-16
KR100512518B1 (ko) 2005-09-06
EP1053055A1 (en) 2000-11-22
US6280590B1 (en) 2001-08-28
BR9908349A (pt) 2000-12-05
CN1170942C (zh) 2004-10-13
AU743074B2 (en) 2002-01-17
KR20010040474A (ko) 2001-05-15
DE69909971D1 (de) 2003-09-04
US6989086B2 (en) 2006-01-24
US20010045359A1 (en) 2001-11-29

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN1170942C (zh) 通过双向电泳在一种生物电芯片上无流道分离生物颗粒
CN104583420B (zh) 核酸样品制备
Cheng et al. Preparation and hybridization analysis of DNA/RNA from E. coli on microfabricated bioelectronic chips
US7172896B2 (en) Integrated portable biological detection system
US7686934B2 (en) Three dimensional dielectrophoretic separator and methods of use
CN1234116A (zh) 用于活性生物样品制备的设备和方法
CN101250483B (zh) 组合夹板微电极式微流控介电电泳细胞分离富集芯片
AU763514B2 (en) Integrated portable biological detection system
US20090053799A1 (en) Trapping magnetic sorting system for target species
US8778157B2 (en) Detecting analytes
CN1345624A (zh) 利用声场力和其它作用力对微粒进行场流分离的装置和方法
US7857957B2 (en) Integrated portable biological detection system
US20220056390A1 (en) Bacteria separation system and methods
KR20070065629A (ko) 세포 또는 바이러스의 농축 또는 정제용 미세유동장치 및방법
CN101715557A (zh) 计测具有核酸的微粒的方法和装置
CN112048502A (zh) 电场捕获机理分离体液中外泌体的方法及微流控芯片
CN102590119B (zh) 基于微流控芯片的养鱼水环境有害菌实时检测方法与装置
CN1412321A (zh) 用于样品制备和分析的集成式生物芯片系统
WO2023220196A1 (en) Electronic devices and methods for scalable cellular engineering and screening

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C14 Grant of patent or utility model
GR01 Patent grant
REG Reference to a national code

Ref country code: HK

Ref legal event code: WD

Ref document number: 1034479

Country of ref document: HK

C19 Lapse of patent right due to non-payment of the annual fee
CF01 Termination of patent right due to non-payment of annual fee