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Méthodologies électrochimiques pour la caractérisation thermodynamique et cinétique de reconnaissance biomoléculaire : application au système aptamère/molécule chirale, 2013. ,
, Thèse de doctorat dirigée par Noel, 2013.
40 Biocapteur utilisant l'ARN pour détecter la théophilline en phase hétérogène, tiré de. 123 eT : transfert d'électron ,
41 Méthodologie de détection de la tobramycine en phase hétérogène, adapté de. 124, p.53 ,
Biocapteur à ARN permettant de détecter la néomycine, tiré de. 126 Le cercle bleu représenté sur le schéma représente la néomycine ,
, Représentation schématique de l'utilisation de dimères d'aminoglycosides, adaptée de. 133, p.58
Dimères de la néamine avec divers bras espaceurs de type amide ou amine ,
, Néamine protégée, utilisée pour la formation de dimères par l'équipe de Wong. 88, p.60
Exemples de néomycines modifiées par un groupement acridine, synthétisées par l'équipe de Tor ,
, Approche utilisée par Hamasaki et al. pour la synthèse de dérivés intercalants de la néamine, p.62
, fonctionnalisées avec des groupements aromatiques, synthétisés par Hamasaki et al. 136
Approche par chimie "click" pour la synthèse de dimères de DOS ,
Deux dimères de DOS, spécifiques d'ARN tétra et octa-boucle ,
Analogues de la néamine synthétisés par l'équipe de Wong ,
Voie de synthèse empruntée par l'équipe de Wong pour la synthèse de divers analogues de la néamine fonctionnalisés en position 5 ,
Stratégie de synthèse d'un analogue électroactif de la paromomycine ,
16 Tentative de couplage peptidique entre le composé 7 et le sulfate de paromomycine, p.69 ,
Synthèse de la sonde électroactive à partir de l'ester activé Fc-NHS (composé 8), p.69 ,
Essai en milieu tamponné au phosphate à pH 8 en présence de DMF ,
Utilisation d'une résine échangeuse de cation Amberlite IRA-400 ,
Stratégie employée par Yan et al. 149 afin de fonctionnaliser les aminoglycosides, p.72 ,
Synthèse de la sonde électroactive FcPRM (composé 12) ,
Le dérivé ferrocène 11 seul, après élution sur 20 minutes b) brut réactionnel de la réaction conduisant à la sonde électroactive, après élution sur 20 min, II.23 Profils d'élution HPLC observés à 210 nm pour a) ,
24 Spectre de masse du brut réactionnel contenant la sonde FcPRM, obtenu par ESI-MS (ESI + ), p.75 ,
27 Synthèse de la sonde Fc-néamine 16 ,
7 Détection par chronoampérométrie de faibles concentrations en néomycine dans une gouttelette de 41.3 µL contenant 10 µM d'aptamère à la néomycine et 10 µM de sonde FcPRM dans un tampon 10 mM MES, 150 mM KCl, 0.1 mM EDTA. La zone agrandie illustre la remontée de courant suite à l ,
, µM (soit 1.1 µM dans la goutte). b) 0.2 µL de néomycine à partir d'une solution mère à 100
Les pics apparaissant aux alentours de 80 secondes sur les chronoampérogrammes proviennent de la perturbation de la gouttelette en rotation au moment où le cône de pipette est introduit pour additionner l'aptamère ,
Aminoglycosides utilisées lors d'expériences de compétition ,
, Exemple de réaction de compétition entre la néomycine et la FcPRM (22 µM) vis-à-vis de l'ARNr 16S23 (22 µM) dans un tampon 10 MES pH 5.5, 150 mM KCl, 0.1 mM EDTA. La remontée du courant résulte de trois injections successives en néomycine dans la gouttelette
, IV.10Gains de courant mesurés après l'addition de trois concentrations en ligands compétiteurs (0.3 eq, 1.1 eq. et 1.8 eq) à une gouttelette de tampon 10 mM MES pH 5.5, 150 mM KCl, 0.1 mM EDTA contenant 22 µM de FcPRM et 22 µM d'ARNr 16S23
Obtenu par l'équipe Wong via SPR, IV.11Classement de six aminoglycosides par ordre d'affinité pour l'ARNr 16S ,
181 a) Plaque de 48 micropuits au fond desquels se trouvent les électrodes sérigraphiées. b) Multipotentiostat utilisé pour les mesures. c) Le consommable se place à plat sur la plaque chauffante du prototype afin de réaliser simultanément 48 mesures, IV.12Dispositif utilisé pour les expériences de criblage. Tiré de ,
181 a) Signal initial théorique de la sonde redox seule en solution, suivi par SWV. b) Diminution progressive du courant suite à la complexation de la sonde redox avec un ADN, suivi ,
, IV.14Expérience de compétition pour six aminoglycosides en parallèle, suivie par SWV. a) Interface de contrôle permettant de suivre en temps réel l
150 mM KCl, 0.1 mM EDTA. L'ordre de lecture des voltamogrammes est légendée. I 0 , I lié représentent respectivement les intensités de courant de pic pour la sonde seule et pour le complexe FcPRM/ARNr 16S23. I représente l'intensité de courant suivant l'addition de 24 µM de paromomcyine, Exemple d'expérience de compétition réalisée sur microplaque entre la paromomycine (24 µM) et la sonde FcPRM (17 µM) vis-à-vis de l'ARNr 16S23 (17 µM) dans un tampon 10 mM MES pH 5, vol.5 ,
Liste des tableaux I.1 Les différents ARN et leurs fonctions ,
Effets de la concentration en Na + sur la T m (température de fusion) et l'affinité des aminoglycosides pour l'ARN 16S. Tiré de 46 ,
, Comparatif des techniques utilisées pour l'étude des interactions entre l'ARN 16S et les aminoglycosides
Résultats obtenus pour les expériences de titrage de la figure II ,
, II.3 Données thermodynamiques de la formation du complexe FcPRM/ARNr 16S23, obtenues pour l'expérience illustrée
Comparaison des courants selon l'utilisation de BSA ou de PVP pour une solution en sonde FcPRM à 33 µM dans un tampon 10 mM KPO 4 pH 6.5, 50 mM KCl ,
, Remontée du courant suivant l'addition de 24 µM de ligand compétiteur à un complexe 1:1 de sonde FcPRM/ARNr 16S23